Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Administracja Centralna Uczelni - Wymiana międzynarodowa (S2)

Sylabus przedmiotu Molecular Modeling of Enzymes:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Wymiana międzynarodowa
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta
Obszary studiów
Profil
Moduł
Przedmiot Molecular Modeling of Enzymes
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Immunologii, Mikrobiologii i Chemii Fizjologicznej
Nauczyciel odpowiedzialny Radosław Drozd <Radoslaw.Drozd@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 4,0 ECTS (formy) 4,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język angielski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL1 15 2,00,49zaliczenie
wykładyW1 15 2,00,51zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Knowledge of organic and inorganic chemistry, biochemistry, biophysics, English at intermediate level,

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Developing skills of selection of appropriate tools to solve and analyze the structure of enzymes

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Analysis of enzymes structural properities by molecular modeling software6
T-L-2Prediction of tretairy structure of alpha - amylase form A. niger4
T-L-3Modeling of catalytic properities of alpha - amylase from A. niger5
15
wykłady
T-W-1Methods and source of obtaining information about the structure of enzymes1
T-W-2Methods of functional analysis of the primary structure of enzymes2
T-W-3Methods of prediction and analyze the secondary structure of enzymes2
T-W-4In silico methods to prediction and analyze the tretiary structure of enzymes6
T-W-5Methods for prediction and modeling functional properities of enzymes4
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Participation in laboratory classes15
A-L-2Project preparation25
A-L-3Reading and analysis of specialised literature20
60
wykłady
A-W-1Parcypitation in lectures15
A-W-2Reading and analysis of specialised literature30
A-W-3Analysis of scientific articles indicated by the teacher15
60

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1lectures
M-2disscusion
M-3laboratory lectures
M-4preparation of project

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: projekt
S-2Ocena podsumowująca: projekt

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
WM-WBiHZ_2-_null_W01
Student has knowledge about enzyme molecular structure organisation principles and methods of its analysis, determination and modification with use a bioinformatics tools.
T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5M-1, M-2, M-3, M-4S-1

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
WM-WBiHZ_2-_null_U01
Student choose and apply correctly a molecular modeling tools for enzyme structure analysis and designing
T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5M-1, M-3, M-4S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
WM-WBiHZ_2-_null_K01
Student know and understand a consequences of modifications of the enzyme native structure
T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5M-1, M-2, M-3, M-4S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
WM-WBiHZ_2-_null_W01
Student has knowledge about enzyme molecular structure organisation principles and methods of its analysis, determination and modification with use a bioinformatics tools.
2,0
3,0Preparation of molecular modeling project in base of indicated enzyme primary structure
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
WM-WBiHZ_2-_null_U01
Student choose and apply correctly a molecular modeling tools for enzyme structure analysis and designing
2,0
3,0Preparation of molecular modeling project in base of indicated enzyme primary structure
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
WM-WBiHZ_2-_null_K01
Student know and understand a consequences of modifications of the enzyme native structure
2,0
3,0Preparation on indicated time a project report
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Arieh Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, Wiley, 1997
  2. Huzefa Rangwala, George Karypis, Introduction to Protein Structure Prediction: Methods and Algorithms, 2010
  3. Allan Svendsen, Enzyme Functionality: Design, Engineering and Screening, 2004
  4. Christoph Wittmann i Rainer Krull red., Biosystems Engineering I: Creating Superior Biocatalysts, Tom 1, Springer, 2010
  5. Wolfgang Aehle red., Enzymes in Industry: Production and Applications, Willey VCH, 2007, III
  6. Girish Shukla i Ajit Varma, Soil Enzymology, Springer, 2011

Literatura dodatkowa

  1. Athel Cornish-Bowden, Fundamentals of Enzyme Kinetics, Portland Press, Londyn, 2002, III

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Analysis of enzymes structural properities by molecular modeling software6
T-L-2Prediction of tretairy structure of alpha - amylase form A. niger4
T-L-3Modeling of catalytic properities of alpha - amylase from A. niger5
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Methods and source of obtaining information about the structure of enzymes1
T-W-2Methods of functional analysis of the primary structure of enzymes2
T-W-3Methods of prediction and analyze the secondary structure of enzymes2
T-W-4In silico methods to prediction and analyze the tretiary structure of enzymes6
T-W-5Methods for prediction and modeling functional properities of enzymes4
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Participation in laboratory classes15
A-L-2Project preparation25
A-L-3Reading and analysis of specialised literature20
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Parcypitation in lectures15
A-W-2Reading and analysis of specialised literature30
A-W-3Analysis of scientific articles indicated by the teacher15
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięWM-WBiHZ_2-_null_W01Student has knowledge about enzyme molecular structure organisation principles and methods of its analysis, determination and modification with use a bioinformatics tools.
Treści programoweT-W-1Methods and source of obtaining information about the structure of enzymes
T-W-2Methods of functional analysis of the primary structure of enzymes
T-W-3Methods of prediction and analyze the secondary structure of enzymes
T-W-4In silico methods to prediction and analyze the tretiary structure of enzymes
T-W-5Methods for prediction and modeling functional properities of enzymes
Metody nauczaniaM-1lectures
M-2disscusion
M-3laboratory lectures
M-4preparation of project
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: projekt
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Preparation of molecular modeling project in base of indicated enzyme primary structure
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięWM-WBiHZ_2-_null_U01Student choose and apply correctly a molecular modeling tools for enzyme structure analysis and designing
Treści programoweT-W-1Methods and source of obtaining information about the structure of enzymes
T-W-2Methods of functional analysis of the primary structure of enzymes
T-W-3Methods of prediction and analyze the secondary structure of enzymes
T-W-4In silico methods to prediction and analyze the tretiary structure of enzymes
T-W-5Methods for prediction and modeling functional properities of enzymes
Metody nauczaniaM-1lectures
M-3laboratory lectures
M-4preparation of project
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: projekt
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Preparation of molecular modeling project in base of indicated enzyme primary structure
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięWM-WBiHZ_2-_null_K01Student know and understand a consequences of modifications of the enzyme native structure
Treści programoweT-L-1Analysis of enzymes structural properities by molecular modeling software
T-L-2Prediction of tretairy structure of alpha - amylase form A. niger
T-L-3Modeling of catalytic properities of alpha - amylase from A. niger
T-W-1Methods and source of obtaining information about the structure of enzymes
T-W-2Methods of functional analysis of the primary structure of enzymes
T-W-3Methods of prediction and analyze the secondary structure of enzymes
T-W-4In silico methods to prediction and analyze the tretiary structure of enzymes
T-W-5Methods for prediction and modeling functional properities of enzymes
Metody nauczaniaM-1lectures
M-2disscusion
M-3laboratory lectures
M-4preparation of project
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: projekt
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Preparation on indicated time a project report
3,5
4,0
4,5
5,0