Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnology (S2)

Sylabus przedmiotu Genomics and Transcriptomics:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnology
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Genomics and Transcriptomics
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki
Nauczyciel odpowiedzialny Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Magdalena Jędrzejczak-Silicka <mjedrzejczak@zut.edu.pl>, Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>, Iwona Szatkowska <Iwona.Szatkowska@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 4,0 ECTS (formy) 4,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język angielski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL1 15 1,00,29zaliczenie
wykładyW1 15 1,50,42zaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA1 15 1,50,29zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Knowledge in the area of molecular genetics and genetic engineering

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
C-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Genomic diseases2
T-A-2Transcripts analysis by use of RNA-seq method4
T-A-3Retrotransposon-based markers2
T-A-4Current projects of genomes analysis1
T-A-5Structural genomics - sequencig of DNA fragments and whole genomes2
T-A-6Transcripts analysis by use of microarrays4
15
laboratoria
T-L-1Design of restriction map. Restriction analysis.4
T-L-2Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)6
T-L-3Isolation of total RNA, methods for purification, analysis of isolates2
T-L-4Methods for RNA transcripts analysis3
15
wykłady
T-W-1Introduction - discipline development, research areas, main genomic projects2
T-W-2Structural genomics - genetic and physical mapping2
T-W-3Functional genomics - discovery of functional DNA elements in genomes1
T-W-4Origin of new genes in genome2
T-W-5RNA classess - features, functions2
T-W-6Comparative analysis of transcripts derived from different animal tissues2
T-W-7Transcription factors and their role in tissue-specific expression2
T-W-8Post-transcriptional modification2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Attend the classes15
A-A-2Consultation with the teacher2
A-A-3Individual preparing for examination20
37
laboratoria
A-L-1Attend the laboratory classes15
A-L-2Study of given literature2
A-L-3Consultation with the teacher2
A-L-4Individual preparing for examination6
25
wykłady
A-W-1Attend the lectures15
A-W-2Individual preparing for examination20
A-W-3Consultation with the teacher2
37

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Lecture
M-2Multimedia presentation by use PC and projector
M-3Work in laboratory groups

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
S-2Ocena podsumowująca: Grade covering the lecture content

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BTap_2A_BTA-S2-B05_W01
In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment
BTap_2A_W05C-3, C-1, C-2T-L-4, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-W-3, T-W-5, T-W-6, T-W-1, T-W-4, T-W-2, T-W-7, T-A-1, T-A-2, T-A-4, T-A-3M-3, M-2, M-1S-1, S-2
BTap_2A_BTA-S2-B05_W02
Student has knowledge of transcriptomics in terms of analysis of gene expression and investigation of their structure and function. He has familiarized with the mechanisms of genomes evolution, its rearrangement and response to stress
BTap_2A_W05C-3, C-1, C-2T-L-4, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-W-3, T-W-5, T-W-6, T-W-1, T-W-4, T-W-2, T-W-7, T-A-1, T-A-2, T-A-4, T-A-3M-3, M-2, M-1S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BTap_2A_BTA-S2-B05_U01
Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution
BTap_2A_U06C-1, C-2T-W-3, T-W-1, T-W-4, T-W-2, T-A-5M-3, M-2, M-1S-1
BTap_2A_BTA-S2-B05_U02
Student has acquired ability to plan appropriate research strategies to understand the structure of the genome, its functions and evolution. He has become acquainted with mechanisms and factors reducing the stability of the genome. In addition, he acquired the ability to search databases containing deposited data on sequences and genomes
BTap_2A_U06C-3, C-1, C-2T-L-4, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-A-1, T-A-2, T-A-4, T-A-3M-3, M-2S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BTap_2A_BTA-S2-B05_K01
Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.
BTap_2A_K05C-3, C-1, C-2T-W-3, T-W-1, T-W-4, T-W-2, T-A-1M-3S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BTap_2A_BTA-S2-B05_W01
In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment
2,0Student does not have sufficient knowledge of the genomic sequences
3,0Student explains the issues related to the analysis of genomic sequences. He can define methods for analysis the genomes of humans and animals.
3,5Student has sufficient knowledge about genomes projects of different species
4,0Student is able to define and explain issues related to the genomes projects
4,5Student has a wide and well-ordered knowledge concerning genomes of different species
5,0Student next to well-established knowledge can argue the selection of specific methods used in genomic projects
BTap_2A_BTA-S2-B05_W02
Student has knowledge of transcriptomics in terms of analysis of gene expression and investigation of their structure and function. He has familiarized with the mechanisms of genomes evolution, its rearrangement and response to stress
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BTap_2A_BTA-S2-B05_U01
Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution
2,0
3,0Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution
3,5
4,0
4,5
5,0
BTap_2A_BTA-S2-B05_U02
Student has acquired ability to plan appropriate research strategies to understand the structure of the genome, its functions and evolution. He has become acquainted with mechanisms and factors reducing the stability of the genome. In addition, he acquired the ability to search databases containing deposited data on sequences and genomes
2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BTap_2A_BTA-S2-B05_K01
Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.
2,0
3,0Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Brown T.A., Genomes 3rd edition, Garland Science, 2006
  2. Starkey M., Elaswarapu R., Genomics: Essential Methods, John Wiley & Sons, Ltd, 2010

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Genomic diseases2
T-A-2Transcripts analysis by use of RNA-seq method4
T-A-3Retrotransposon-based markers2
T-A-4Current projects of genomes analysis1
T-A-5Structural genomics - sequencig of DNA fragments and whole genomes2
T-A-6Transcripts analysis by use of microarrays4
15

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Design of restriction map. Restriction analysis.4
T-L-2Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)6
T-L-3Isolation of total RNA, methods for purification, analysis of isolates2
T-L-4Methods for RNA transcripts analysis3
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Introduction - discipline development, research areas, main genomic projects2
T-W-2Structural genomics - genetic and physical mapping2
T-W-3Functional genomics - discovery of functional DNA elements in genomes1
T-W-4Origin of new genes in genome2
T-W-5RNA classess - features, functions2
T-W-6Comparative analysis of transcripts derived from different animal tissues2
T-W-7Transcription factors and their role in tissue-specific expression2
T-W-8Post-transcriptional modification2
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Attend the classes15
A-A-2Consultation with the teacher2
A-A-3Individual preparing for examination20
37
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Attend the laboratory classes15
A-L-2Study of given literature2
A-L-3Consultation with the teacher2
A-L-4Individual preparing for examination6
25
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Attend the lectures15
A-W-2Individual preparing for examination20
A-W-3Consultation with the teacher2
37
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBTap_2A_BTA-S2-B05_W01In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_W05has an extended knowledge about the structure, function and computer analysis of genes and genomes, as well as the influence of genetic factors on the formation of the environment
Cel przedmiotuC-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results
C-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-L-4Methods for RNA transcripts analysis
T-L-3Isolation of total RNA, methods for purification, analysis of isolates
T-L-2Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)
T-L-1Design of restriction map. Restriction analysis.
T-W-3Functional genomics - discovery of functional DNA elements in genomes
T-W-5RNA classess - features, functions
T-W-6Comparative analysis of transcripts derived from different animal tissues
T-W-1Introduction - discipline development, research areas, main genomic projects
T-W-4Origin of new genes in genome
T-W-2Structural genomics - genetic and physical mapping
T-W-7Transcription factors and their role in tissue-specific expression
T-A-1Genomic diseases
T-A-2Transcripts analysis by use of RNA-seq method
T-A-4Current projects of genomes analysis
T-A-3Retrotransposon-based markers
Metody nauczaniaM-3Work in laboratory groups
M-2Multimedia presentation by use PC and projector
M-1Lecture
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
S-2Ocena podsumowująca: Grade covering the lecture content
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student does not have sufficient knowledge of the genomic sequences
3,0Student explains the issues related to the analysis of genomic sequences. He can define methods for analysis the genomes of humans and animals.
3,5Student has sufficient knowledge about genomes projects of different species
4,0Student is able to define and explain issues related to the genomes projects
4,5Student has a wide and well-ordered knowledge concerning genomes of different species
5,0Student next to well-established knowledge can argue the selection of specific methods used in genomic projects
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBTap_2A_BTA-S2-B05_W02Student has knowledge of transcriptomics in terms of analysis of gene expression and investigation of their structure and function. He has familiarized with the mechanisms of genomes evolution, its rearrangement and response to stress
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_W05has an extended knowledge about the structure, function and computer analysis of genes and genomes, as well as the influence of genetic factors on the formation of the environment
Cel przedmiotuC-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results
C-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-L-4Methods for RNA transcripts analysis
T-L-3Isolation of total RNA, methods for purification, analysis of isolates
T-L-2Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)
T-L-1Design of restriction map. Restriction analysis.
T-W-3Functional genomics - discovery of functional DNA elements in genomes
T-W-5RNA classess - features, functions
T-W-6Comparative analysis of transcripts derived from different animal tissues
T-W-1Introduction - discipline development, research areas, main genomic projects
T-W-4Origin of new genes in genome
T-W-2Structural genomics - genetic and physical mapping
T-W-7Transcription factors and their role in tissue-specific expression
T-A-1Genomic diseases
T-A-2Transcripts analysis by use of RNA-seq method
T-A-4Current projects of genomes analysis
T-A-3Retrotransposon-based markers
Metody nauczaniaM-3Work in laboratory groups
M-2Multimedia presentation by use PC and projector
M-1Lecture
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
S-2Ocena podsumowująca: Grade covering the lecture content
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBTap_2A_BTA-S2-B05_U01Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_U06makes a comprehensive analysis of the molecular basis of evolution, as well as factors affecting the functioning of the genome and the transcriptome; analyzes the factors affecting the variability of the body
Cel przedmiotuC-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-W-3Functional genomics - discovery of functional DNA elements in genomes
T-W-1Introduction - discipline development, research areas, main genomic projects
T-W-4Origin of new genes in genome
T-W-2Structural genomics - genetic and physical mapping
T-A-5Structural genomics - sequencig of DNA fragments and whole genomes
Metody nauczaniaM-3Work in laboratory groups
M-2Multimedia presentation by use PC and projector
M-1Lecture
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBTap_2A_BTA-S2-B05_U02Student has acquired ability to plan appropriate research strategies to understand the structure of the genome, its functions and evolution. He has become acquainted with mechanisms and factors reducing the stability of the genome. In addition, he acquired the ability to search databases containing deposited data on sequences and genomes
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_U06makes a comprehensive analysis of the molecular basis of evolution, as well as factors affecting the functioning of the genome and the transcriptome; analyzes the factors affecting the variability of the body
Cel przedmiotuC-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results
C-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-L-4Methods for RNA transcripts analysis
T-L-3Isolation of total RNA, methods for purification, analysis of isolates
T-L-2Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)
T-L-1Design of restriction map. Restriction analysis.
T-W-5RNA classess - features, functions
T-W-6Comparative analysis of transcripts derived from different animal tissues
T-W-7Transcription factors and their role in tissue-specific expression
T-A-1Genomic diseases
T-A-2Transcripts analysis by use of RNA-seq method
T-A-4Current projects of genomes analysis
T-A-3Retrotransposon-based markers
Metody nauczaniaM-3Work in laboratory groups
M-2Multimedia presentation by use PC and projector
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBTap_2A_BTA-S2-B05_K01Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_K05shows discipline in individual work; willing to participate in group work; can creatively plan and implement own and team activities
Cel przedmiotuC-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results
C-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-W-3Functional genomics - discovery of functional DNA elements in genomes
T-W-1Introduction - discipline development, research areas, main genomic projects
T-W-4Origin of new genes in genome
T-W-2Structural genomics - genetic and physical mapping
T-A-1Genomic diseases
Metody nauczaniaM-3Work in laboratory groups
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.
3,5
4,0
4,5
5,0