Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Bioinformatyka (S1)
specjalność: Systemy informatyczne w biologii
Sylabus przedmiotu Podstawy transkryptomiki i epigenetyki:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Bioinformatyka | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | pierwszego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | inżynier | ||
| Obszary studiów | nauk przyrodniczych, nauk technicznych, studiów inżynierskich | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Podstawy transkryptomiki i epigenetyki | ||
| Specjalność | przedmiot wspólny | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Katarzyna Wojdak-Maksymiec <Katarzyna.Wojdak-Maksymiec@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | Hanna Kulig <Hanna.Kulig@zut.edu.pl> | ||
| ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | 12 | Grupa obieralna | 2 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | znajomość podstaw z zakresu genetyki i biologii molekularnej |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Zaprezentowanie najnowszej wiedzy na temat zjawisk epigenetycznych i analizy transkryptomu. |
| C-2 | Przedstawienie powiązań epigenetyki i transkryptomiki z różnymi procesami zachodzącymi w organizmie i możliwościami wykorzystania w różnych dziedzinach życia człowieka. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Organizmy modelowe oraz metody i techniki molekularne wykorzystywane w badaniach transkryptomu i epigenomu. | 3 |
| T-A-2 | Przegląd chorób o podłożu epigenetycznym oraz znaczenie badań epigenetycznych w terapii chorób i w innych obszarach życia człowieka. | 6 |
| T-A-3 | Praktyczne aspekty badań transkryptomicznych w różnych obszarach życia i działalności człowieka. | 6 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Wprowadzenie do transkryptomiki i epigenetyki, powiązanie z innymi naukami, przyszłość i perspektywy badań transkryptomicznych i epigenetycznych. | 3 |
| T-W-2 | Struktura chromatyny jako nośnika pamięci epigenetycznej, dynamika chromatyny. | 2 |
| T-W-3 | Przykłady zjawisk i procesów o podłożu epigenetycznym (paramutacje, wernalizacja, wyciszanie genów, inaktywacja chromosomu X, rodzicielskie piętno genomowe) w aspekcie funkcjonowania organizmu. | 4 |
| T-W-4 | RNA niekodujące (konstytutywne i regulatorowe) w aspekcie aktywności transkryptomu. | 6 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | uczestniczenie w ćwiczeniach audytoryjnych | 15 |
| A-A-2 | przygotowanie prezentacji tematycznej | 18 |
| A-A-3 | konsultacje | 8 |
| A-A-4 | zaliczenie ćwiczeń audytoryjnych | 4 |
| 45 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | uczestniczenie w wykładach | 15 |
| A-W-2 | przygotowanie do zaliczenia treści wykładów | 17 |
| A-W-3 | konsultacje | 8 |
| A-W-4 | zaliczenie treści wykładów i omówienie wyników | 4 |
| 44 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | wykłady informacyjne wspomagane prezentacjami multimedialnymi |
| M-2 | dyskusja dydaktyczna |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: zaliczenie pisemne |
| S-2 | Ocena podsumowująca: ocena prezentacji przygotowanych przez studentów |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_W01 student charakteryzuje transkryptom i zjawiska epigenetyczne w powiązaniu z procesami zachodzącymi w organizmie oraz metody badania transkryptomu i epigenomu | BI_1A_W19 | P1A_W03, P1A_W05, P1A_W06, P1A_W07, P1A_W08, T1A_W02, T1A_W04, T1A_W05, T1A_W07, T1A_W08 | InzA_W02, InzA_W05 | C-1 | T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4 | M-1 | S-1 |
| BI_1A_BI-S-O9.3_W02 student wskazuje możliwości wykorzystania badań epigenetycznych i transkryptomicznych w różnych obszarach życia człowieka | BI_1A_W19 | P1A_W03, P1A_W05, P1A_W06, P1A_W07, P1A_W08, T1A_W02, T1A_W04, T1A_W05, T1A_W07, T1A_W08 | InzA_W02, InzA_W05 | C-2 | T-A-1, T-A-2, T-A-3 | M-1, M-2 | S-1, S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_U01 student potrafi zaprezentować samodzielnie zdobytą wiedzę z zakresu możliwości wykorzystania analizy transkryptomu i zjawisk epigenetycznych w różnych dziedzinach życia człowieka | BI_1A_U07, BI_1A_U19 | P1A_U02, P1A_U03, P1A_U06, P1A_U09, P1A_U11, T1A_U03, T1A_U04, T1A_U05, T1A_U10, T1A_U11 | InzA_U01, InzA_U07 | C-2 | T-A-1, T-A-2, T-A-3 | M-1, M-2 | S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_K01 wykonując powierzone zadanie, student jest świadomy potrzeby zgłębiania wiedzy przy wykorzystaniu różnych źródeł informacji oraz dzielenia się wiedzą samodzielnie lub pracując w grupie | BI_1A_K03 | P1A_K01, P1A_K02, P1A_K05, P1A_K07, P1A_K08, T1A_K01, T1A_K06, T1A_K07 | InzA_K02 | C-2 | T-A-1, T-A-2, T-A-3 | M-1, M-2 | S-2 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_W01 student charakteryzuje transkryptom i zjawiska epigenetyczne w powiązaniu z procesami zachodzącymi w organizmie oraz metody badania transkryptomu i epigenomu | 2,0 | student nie potrafi scharakteryzować transkryptomu , nie zna żadnych zjawisk epigenetycznych oraz metod badania transkryptomu i epigenomu |
| 3,0 | student pobieżnie charakteryzuje transkryptom, wymienia i opisuje niektóre poznane zjawiska epigenetyczne, wymienia niektóre metody badania transkryptomu i epigenomu | |
| 3,5 | student pobieżnie charakteryzuje transkryptom, wymienia i opisuje niektóre poznane zjawiska epigenetyczne oraz wymienia i charakteryzuje wybrane metody badania transkryptomu i epigenomu | |
| 4,0 | student dość szczegółowo charakteryzuje transkryptom, wymienia większość poznanych zjawisk epigenetycznych, opisuje niektóre z nich oraz wymienia wszystkie metody badania transkryptomu i epigenomu i charakteryzuje wybrane z nich | |
| 4,5 | student szczegółowo charakteryzuje transkryptom, wymienia wszystkie poznane zjawiska epigenetyczne szczegółowo opisując większość z nich oraz wymienia wszystkie metody badania transkryptomu i epigenomu i charakteryzuje większość z nich | |
| 5,0 | student szczegółowo charakteryzuje transkryptom, wymienia i szczegółowo opisuje wszystkie poznane zjawiska epigenetyczne oraz wymienia i charakteryzuje wszystkie poznane metody badania transkryptomu i epigenomu | |
| BI_1A_BI-S-O9.3_W02 student wskazuje możliwości wykorzystania badań epigenetycznych i transkryptomicznych w różnych obszarach życia człowieka | 2,0 | student nie zna możliwości wykorzystania badań epigenetycznych i transkryptomicznych w różnych dziedzinach życia człowieka |
| 3,0 | student wymienia niektóre poznane możliwości wykorzystania badań epigenetycznych i transkryptomicznych w różnych dziedzinach życia człowieka i opisuje wybrany przykład | |
| 3,5 | student wymienia i opisuje niektóre poznane możliwości wykorzystania badań epigenetycznych i transkryptomicznych w różnych dziedzinach życia człowieka | |
| 4,0 | student wymienia wszystkie poznane możliwości wykorzystania badań epigenetycznych i transkryptomicznych w różnych dziedzinach życia człowieka oraz opisuje niektóre z nich | |
| 4,5 | student wymienia wszystkie poznane możliwości wykorzystania badań epigenetycznych i transkryptomicznych w różnych dziedzinach życia człowieka oraz opisuje większość z nich | |
| 5,0 | student wymienia i szczegółowo opisuje wszystkie poznane możliwości wykorzystania badań epigenetycznych i transkryptomicznych w różnych dziedzinach życia człowieka |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_U01 student potrafi zaprezentować samodzielnie zdobytą wiedzę z zakresu możliwości wykorzystania analizy transkryptomu i zjawisk epigenetycznych w różnych dziedzinach życia człowieka | 2,0 | student nie prezentuje samodzielnie zdobytej wiedzy z zakresu możliwości wykorzystania analizy transkryptomu i zjawisk epigenetycznych w różnych dziedzinach życia człowieka |
| 3,0 | student prezentuje samodzielnie zdobytą wiedzę z zakresu możliwości wykorzystania analizy transkryptomu i zjawisk epigenetycznych w różnych dziedzinach życia człowieka w sposób mało komunikatywny i pobieżnie | |
| 3,5 | student prezentuje samodzielnie zdobytą, lecz niepełną, wiedzę z zakresu możliwości wykorzystania analizy transkryptomu i zjawisk epigenetycznych w różnych dziedzinach życia człowieka dość komunikatywnie | |
| 4,0 | student prezentuje samodzielnie zdobytą wiedzę z zakresu możliwości wykorzystania analizy transkryptomu i zjawisk epigenetycznych w różnych dziedzinach życia człowieka w sposób dość jasny i komunikatywny lecz nie wyczerpując tematu | |
| 4,5 | student potrafi jasno i dość szczegółowo zaprezentować samodzielnie zdobytą wiedzę z zakresu możliwości wykorzystania analizy transkryptomu i zjawisk epigenetycznych w różnych dziedzinach życia człowieka | |
| 5,0 | student potrafi jasno i szczegółowo, w ciekawy sposób zaprezentować samodzielnie zdobytą wiedzę z zakresu możliwości wykorzystania analizy transkryptomu i zjawisk epigenetycznych w różnych dziedzinach życia człowieka |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_K01 wykonując powierzone zadanie, student jest świadomy potrzeby zgłębiania wiedzy przy wykorzystaniu różnych źródeł informacji oraz dzielenia się wiedzą samodzielnie lub pracując w grupie | 2,0 | student nie wykonuje powierzonego zadania wymagającego potrzeby zgłębiania wiedzy przy wykorzystaniu różnych źródeł informacji oraz dzielenia się wiedzą samodzielnie lub pracując w grupie |
| 3,0 | student wykonuje powierzone zadanie wymagające dzielenia się zdobytą wiedzą samodzielnie lub w grupie, dokumentując wykorzystany ubogi materiał źródłowy, głównie podręcznikowy i w języku polskim | |
| 3,5 | student wykonuje powierzone zadanie wymagające dzielenia się zdobytą wiedzą samodzielnie lub w grupie, dokumentując wykorzystany przeciętny materiał źródłowy, głównie w języku polskim | |
| 4,0 | student wykonuje powierzone zadanie wymagające dzielenia się zdobytą wiedzą samodzielnie lub w grupie dokumentując wykorzystany dość bogaty materiał źródłowy, głównie w języku polskim | |
| 4,5 | student wykonuje powierzone zadanie wymagające dzielenia się zdobytą wiedzą samodzielnie lub w grupie, dokumentując wykorzystany dość bogaty materiał źródłowy, w tym obcojęzyczny | |
| 5,0 | student wykonuje powierzone zadanie wymagające dzielenia się zdobytą wiedzą samodzielnie lub w grupie, dokumentując wykorzystany bogaty materiał źródłowy, w tym najnowszy oryginalny i obcojęzyczny |
Literatura podstawowa
- Rogalska S.M., Achrem M., Wojciechowski A., Chromatyna. Molekularne mechanizmy epigenetyczne., Wyd. UP w Poznaniu, Poznań, 2010
- Spork P., Drugi kod., Wyd. W.A.B., 2011
- White R.J., Gene Trancription, Blackwell Science, 2001
Literatura dodatkowa
- Korf B.R., Genetyka człowieka. Rozwiązywanie problemów medycznych., PWN, Warszawa, 2003
- Węgleński P. (red.), Genetyka molekularna., PWN, Warszawa, 2006
- Tyczewska A., Marek Figlerowicz M., Nowe oblicze „świata RNA”, NAUKA, 2009