Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (S2)
specjalność: Biologia roślin
Sylabus przedmiotu Mechanizmy ewolucji genomów:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister | ||
| Obszary studiów | nauk przyrodniczych | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Mechanizmy ewolucji genomów | ||
| Specjalność | Biologia zwierząt | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 2,0 | ECTS (formy) | 2,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | 5 | Grupa obieralna | 4 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Wiedza z zakresu genetyki ogólnej i genomiki |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Zapoznanie studentów z metodami analiz genomów |
| C-2 | Przybliżenie procesów ewolucyjnych zachodzących na poziomie genomu |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Organizmy modelowe używane w genomice porównawczej, przykłady zastosowania. | 2 |
| T-A-2 | Teoria makroewolucji i ewolucja genomu. | 2 |
| T-A-3 | Techniki pozwalające na określenie wielkości genomu u roslin i zwierząt. | 2 |
| T-A-4 | Korzystanie z baz danych obejmujących genomikę porównawczą. | 3 |
| T-A-5 | Projekty sekwencjonowania genomów zwierząt domowych i gospodarskich. | 2 |
| T-A-6 | Etyczne i praktyczne aspekty poznania sekwencji genomów różnych organizmów i człowieka. Genomika personalna. | 2 |
| T-A-7 | Choroby genomowe i ich ewolucja. | 2 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Wprowadzenie do przedmiotu, definicje, obszar badawczy. Paradoks wartości C. | 2 |
| T-W-2 | Pochodzenie genów i genomów. Teorie powstania kodu genetycznego. | 2 |
| T-W-3 | Organizacja genomów prokariotycznych i organellowych. Porównanie. | 2 |
| T-W-4 | Budowa genomów eukariotycznych. Porównanie. Kolinearność i syntenia. | 2 |
| T-W-5 | Powstawanie nowych genów. | 2 |
| T-W-6 | Ewolucja płciowości. Teorie wyjaśniające korzyści rozmnażania płciowego. | 2 |
| T-W-7 | Ewolucja na poziomie chromosomalnym | 2 |
| T-W-8 | Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i całych genomów. | 4 |
| T-W-9 | Mapowanie genomów technikami genetycznymi i fizycznymi. Mapy zintegrowane. | 3 |
| T-W-10 | DNA "samoubne" i "śmieciowe" w genomach eukariotycznych, pochodzenie i funkcje. | 2 |
| T-W-11 | Ewolucja "pasozytów genomowych". Elemety ruchome. Chromosomy B | 2 |
| 25 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Uczestnictwo w audytoriach | 15 |
| A-A-2 | Studiowanie zalecanej literatury | 4 |
| A-A-3 | Przygotowanie prezentacji | 4 |
| A-A-4 | Konsultacje | 1 |
| 24 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Uczestnictwo w wykładach | 25 |
| A-W-2 | Studiowanie zalecanej literatury | 5 |
| A-W-3 | Przygotowanie do zaliczenia | 5 |
| A-W-4 | Konsultacje | 1 |
| A-W-5 | Zaliczenie | 1 |
| 37 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład informacyjny |
| M-2 | Pokaz |
| M-3 | Prezentacje studentów |
| M-4 | Dyskusja dydaktyczna |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: Ocana aktywności |
| S-2 | Ocena formująca: Ocena prezentacji |
| S-3 | Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczeniowe |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_W01 Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych. | BL_2A_W01, BL_2A_W12 | P2A_W01, P2A_W04, P2A_W05, P2A_W07 | C-2 | T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-7, T-W-9, T-A-3 | M-1 | S-3 |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_W02 Charkteryzowanie metod pozwalających na analizę genomów i ich porównanie | BL_2A_W03, BL_2A_W05, BL_2A_W12 | P2A_W01, P2A_W02, P2A_W03, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07 | C-1 | T-W-9, T-W-8, T-A-1, T-A-3 | M-1, M-2 | S-3 |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_W03 Objaśnianie zmian zachodzących w genomach podczas ewolucji | BL_2A_W01, BL_2A_W10 | P2A_W01, P2A_W02, P2A_W03, P2A_W04, P2A_W05, P2A_W06 | C-2 | T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-10, T-W-11, T-A-2 | M-1, M-3, M-4 | S-2, S-3 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_U01 Umiejętność poruszania się w bazach danych w których zdeponowano sekwencje i mapy genomów | BL_2A_U11 | P2A_U01, P2A_U02, P2A_U03, P2A_U04, P2A_U06 | C-1 | T-A-4, T-A-5 | M-2 | S-1 |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_U02 Umiejętność oceny korzyści i zagrożeń wynikających z wiedzy o budowie genomów | BL_2A_U01, BL_2A_U09, BL_2A_U13 | P2A_U01, P2A_U02, P2A_U03, P2A_U04, P2A_U05, P2A_U06, P2A_U07 | C-2 | T-W-6, T-A-1, T-A-5, T-A-6 | M-4 | S-1 |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_U03 Umiejętność postrzegania ewolucji jako zmian w genomie | BL_2A_U09, BL_2A_U11 | P2A_U01, P2A_U02, P2A_U03, P2A_U04, P2A_U05, P2A_U06 | C-2 | T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-10, T-W-11, T-A-7 | M-1, M-2 | S-3 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_K01 Zdolnośc do kompleksowej oceny danych | BL_2A_K01 | P2A_K04, P2A_K07 | C-1 | T-W-1, T-W-9, T-W-8, T-A-2, T-A-5 | M-1, M-4 | S-1 |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_K03 Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów | BL_2A_K01, BL_2A_K03 | P2A_K01, P2A_K04, P2A_K05, P2A_K07 | C-2 | T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-6, T-W-7, T-W-9, T-W-8, T-W-10, T-W-11, T-A-5, T-A-7 | M-1, M-3 | S-2, S-3 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_W01 Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych. | 2,0 | Nie zna pojęcia genomu i jego budowy |
| 3,0 | Zna pojęcie genomu i potrafi go zdefiniować w róznych aspektach | |
| 3,5 | Wie jakie jest zróżnicowanie wielkości genomów | |
| 4,0 | Wie jak zbudowane są genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych | |
| 4,5 | Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice. | |
| 5,0 | Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice. Ma wiedze na temat zaawansowania projektów sekwencjonowania genomów różnych grup taksonomicznych. | |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_W02 Charkteryzowanie metod pozwalających na analizę genomów i ich porównanie | 2,0 | Nie zna żadnych metod analizy genomu |
| 3,0 | Potrafi wymienić metody analizy genomu | |
| 3,5 | Potrafi wymienić kilka metod analiz genomu i je opisać | |
| 4,0 | Zna wiele metod analziy genomu. | |
| 4,5 | Zna wiele metod analizy genomu i potrafi wybrać odpowiednią z nich do danych badań. | |
| 5,0 | Zna wiele metod analizy genomu i potrafi wybrać odpowiednią z nich do danych badań. Potrafi argumentowac swój wybór. | |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_W03 Objaśnianie zmian zachodzących w genomach podczas ewolucji | 2,0 | Nie wie, że w genomie zachodzą zmiany. |
| 3,0 | Wie, że w genomie zachodzą zmiany podczas ewolucji. | |
| 3,5 | Potrafi wymienić jakie zmiany zachodzą w genomie podczas ewolucji. | |
| 4,0 | Potrafi opisać niektóre mechanizmy zmian w genomie. | |
| 4,5 | Potrafi opisać wiele mechanizmów zmian w genomie. | |
| 5,0 | Potrafi opisywać mechanizmy zmian w genomie z podaniem konkretnych przykładów. |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_U01 Umiejętność poruszania się w bazach danych w których zdeponowano sekwencje i mapy genomów | 2,0 | Nie wie, że są bazy danych sekwencji |
| 3,0 | Wie, że są bazy danych z sekwencjami | |
| 3,5 | Potrafi wymienić bazy danych | |
| 4,0 | Potrafi wymienić bazy danych i powiedziec do czego służą | |
| 4,5 | Potrafi poruszać się po bazach danych | |
| 5,0 | Potrafi korzystać z narzędzi bazy danych i interpretować uzyskane przez ich uzycie wyniki | |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_U02 Umiejętność oceny korzyści i zagrożeń wynikających z wiedzy o budowie genomów | 2,0 | Nie wie jakie są korzyści i zagrożenia wynikające z wiedzy o budowie genomów |
| 3,0 | Potrafi wymienić kilka korzyści i zagrożeń wynikających z wiedzy o budowie genomów | |
| 3,5 | Potrafi wymienić wiele korzyści i zagrożeń wynikających z wiedzy o budowie genomów | |
| 4,0 | Potrafi wymienić wiele korzyści i zagrożeń wynikających z wiedzy o budowie genomów oraz je opisać | |
| 4,5 | Potrafi wymienić wiele korzyści i zagrożeń wynikających z wiedzy o budowie genomów oraz je opisać i podać konkretne przykłady | |
| 5,0 | Potrafi dysktować nt. korzyści i zagrożeń poznania sekwencji genomów przedstawiając swoje racje, poparte przykładami | |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_U03 Umiejętność postrzegania ewolucji jako zmian w genomie | 2,0 | Nie wie, że ewolucja przebiegała na poziomie genomu |
| 3,0 | Wie, że ewolucja dotyczyła zmian w genomie, ale nie wie w jaki spsosób | |
| 3,5 | Potrafi wymienic jakie zmiany dokonują się podczas ewolucji genomu | |
| 4,0 | Wymienia i opisuje jakie zmiany dokonują się podczas ewolucji genomu | |
| 4,5 | Wymienia i opisuje jakie zmiany dokonują się podczas ewolucji genomu, zna mechanizmy zachodzenia zmian | |
| 5,0 | Potrafi podać zmiany i ich mechanizmy na konkretnych przykładach |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_K01 Zdolnośc do kompleksowej oceny danych | 2,0 | Brak zdolności do kompleksowej oceny zjawisk |
| 3,0 | Wykazuje minimalną zdolność do kompleksowej oceny zjawisk | |
| 3,5 | Wykazuje dość dobrą zdolność do kompleksowej oceny zjawisk | |
| 4,0 | Wykazuje dobrą zdolność do kompleksowej oceny zjawisk | |
| 4,5 | Wykazuje bardzo dobrą zdolność do kompleksowej oceny zjawisk | |
| 5,0 | Wykazuje nadzwyczajną zdolność do kompleksowej oceny zjawisk | |
| BL_2A_BLZ-S-O4.3_K03 Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów | 2,0 | Nie ma świadomości zróżnicowania genomów |
| 3,0 | Ma świadomość zróżnicowania genomów, ale nie wie czego dotyczy | |
| 3,5 | Ma świadomość ilościowego i jakościowego zróżnicowania genomów, | |
| 4,0 | Ma świadomość zróżnciowania rzędu wielkości genomów i elemantów składowych | |
| 4,5 | Ma świadomość zróznicowania genomów poparte nielicznymi przykładami | |
| 5,0 | Ma świadomośc zróznicowania genomów poparte klicznymi przykładami |
Literatura podstawowa
- Brown T. A., Genomy (nowe wydanie), PWN, Warszawa, 2009
- Higgs P.G., Attwood T.K., Bioinformatyka i Ewolucja Molekularna, PWN, Warszawa, 2008
Literatura dodatkowa
- Krzanowska H., Zarys mechanizmów Ewolucji, PWN, Warszawa, 2002
- Gregory T.R., The Evolution of the Genome, Elsevier, Londyn, 2005