ZUT - Krajowe Ramy Kwalifikacji / Rok 2014/2015 / Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt / Biologia (S2) / Biologia molekularna i podstawy analityki / Sylabus przedmiotu

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (S2)
specjalność: Biologia molekularna i podstawy analityki

Sylabus przedmiotu Techniki laboratoryjne w mikrobiologii:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów	Biologia
Forma studiów	studia stacjonarne	Poziom	drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta	magister
Obszary studiów	nauk przyrodniczych
Profil	ogólnoakademicki
Moduł	—
Przedmiot	Techniki laboratoryjne w mikrobiologii
Specjalność	Biologia molekularna i podstawy analityki
Jednostka prowadząca	Katedra Immunologii, Mikrobiologii i Chemii Fizjologicznej
Nauczyciel odpowiedzialny	Paweł Nawrotek <Pawel.Nawrotek@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele	Karol Fijałkowski <karol.fijalkowski@zut.edu.pl>
ECTS (planowane)	3,0	ECTS (formy)	3,0
Forma zaliczenia	zaliczenie	Język	polski
Blok obieralny	—	Grupa obieralna	—

Formy dydaktyczne

Forma dydaktyczna	KOD	Semestr	Godziny	ECTS	Waga	Zaliczenie
ćwiczenia audytoryjne	A	1	10	1,0	0,29	zaliczenie
laboratoria	L	1	20	1,0	0,29	zaliczenie
wykłady	W	1	15	1,0	0,42	zaliczenie

Wymagania wstępne

KOD	Wymaganie wstępne
W-1	Podstawowa wiedza z zakresu mikrobiologii, immunologii, wirusologii, genetyki.

Cele przedmiotu

KOD	Cel modułu/przedmiotu
C-1	Głównym celem przedmiotu jest przekazanie studentom specjalistycznej wiedzy z zakresu klasycznych i nowoczesnych technik labaoratoryjnych stosowanych w mikrobiologii.
C-2	Zapoznanie studentów z praktycznymi aspektami wykonywania badań z użyciem klasycznych testów fenotypowych, jak również nowoczesnych testów immunologicznych i molekularnych; weryfikowania uzyskiwanych wyników (walidacja testów); opracowywania (projektowania) nowych i optymalizowania istniejących procedur diagnostycznych, wykorzystujących wybrane techniki laboratoryjne, w celu szybszej oraz bardziej wiarygodnej identyfikacji i analizy zjadliwości czynników zakaźnych.

KOD

Cel modułu/przedmiotu

C-1

Głównym celem przedmiotu jest przekazanie studentom specjalistycznej wiedzy z zakresu klasycznych i nowoczesnych technik labaoratoryjnych stosowanych w mikrobiologii.

C-2

Zapoznanie studentów z praktycznymi aspektami wykonywania badań z użyciem klasycznych testów fenotypowych, jak również nowoczesnych testów immunologicznych i molekularnych; weryfikowania uzyskiwanych wyników (walidacja testów); opracowywania (projektowania) nowych i optymalizowania istniejących procedur diagnostycznych, wykorzystujących wybrane techniki laboratoryjne, w celu szybszej oraz bardziej wiarygodnej identyfikacji i analizy zjadliwości czynników zakaźnych.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KOD	Treść programowa	Godziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1	Techniki laboratoryjne w chorobach zakaźnych. Postulaty GLP (ang. Good Laboratory Practice) w praktyce laboratoryjnej.	2
T-A-2	Pobieranie i transport prób materiałów do badań. Techniki fenotypowe w badaniach mikrobiologicznych.	2
T-A-3	Identyfikacja i analiza wybranych patogenów bakteryjnych – przykładowe procedury.	2
T-A-4	Przygotowanie i optymalizacja diagnostyki molekularnej, z użyciem technik in silico. Opracowywanie procedur diagnostycznych w oparciu o analizę in silico sekwencji nukleotydowych wybranych mikroorganizmów chorobotwórczych.	2
T-A-5	Filogenetyka molekularna i jej zastosowanie w badaniach mikrobiologicznych.	2
		10
laboratoria
T-L-1	Metody izolacji drobnoustrojów z różnych środowisk naturalnych (woda, gleba, powietrze) i określanie ich liczebności. Izolowanie czystych kultur.	4
T-L-2	Analiza mikrobiologiczna wody do celów sanitarnych. Oznaczanie bakterii grupy coli – miano coli.	2
T-L-3	Prowadzenie hodowli bakteryjnych na różnych podłożach.	2
T-L-4	Prowadzenie obserwacji mikroskopowych: przygotowywanie preparatów barwionych metodami prostymi i złożonymi, obserwacje przyżyciowe.	2
T-L-5	Hodowla drobnoustrojów w warunkach tlenowych i beztlenowych.	2
T-L-6	Metody identyfikacji drobnoustrojów na podstawie cech biochemicznych.	2
T-L-7	Metody oznaczania wrażliwości bakterii na antybiotyki.	2
T-L-8	Metody oznaczania liczby bakterii.	2
T-L-9	Metody genetyczne w identyfikacji drobnoustrojów.	2
		20
wykłady
T-W-1	Techniki molekularne w wykrywaniu patogenów bakteryjnych występujących w żywności – aspekty praktyczne.	3
T-W-2	Techniki immunologiczne w badaniach odporności przeciwzakaźnej.	2
T-W-3	Ilościowe testy immunologiczne: immunofluorescencja (IFA), odczyny radioimmunologiczne (RIA), odczyny immunoenzymatyczne (EIA, ELISA).	2
T-W-4	Metody szybkiego immunofenotypowania krążących komórek (antygenów) – immunocytometria.	2
T-W-5	Przeciwciała monoklonalne i ich zastosowanie.	2
T-W-6	Identyfikacja drobnoustrojów w oparciu o analizę genomu.	2
T-W-7	Techniki „blotting”. Wykrywanie czynników niekonwencjonalnych.	2
		15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KOD	Forma aktywności	Godziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1	Uczestnictwo w zajęciach.	10
A-A-2	Studiowanie literatury przedmiotu.	5
A-A-3	Przygotowanie się do "wejściówek".	9
A-A-4	Przygotowanie się do zaliczenia ćwiczeń audytoryjnych.	5
A-A-5	Pisemne zaliczenie ćwiczeń audytoryjnych.	1
		30
laboratoria
A-L-1	Uczestnictwo w zajęciach.	20
A-L-2	Przygotowanie się do "wejściówek".	5
A-L-3	Przygotowanie się do kolokwiów.	5
		30
wykłady
A-W-1	Uczestnictwo w wykładach.	15
A-W-2	Studiowanie literatury przedmiotu.	6
A-W-3	Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.	8
A-W-4	Pisemne zaliczenie wykładów.	1
		30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KOD	Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1	Wykład informacyjny z wykorzystaniem prezentacji multimedialnej.
M-2	Opis technik laboratoryjnych stosowanych w mikrobiologii z wykorzystaniem specjalistycznych programów komputerowych i prezentacji multimedialnej.
M-3	Ćwiczenia laboratoryjne (identyfikacja i analiza określonych drobnoustrojów z użyciem wybranych technik laboratoryjnych; praca indywidualna i w grupach).
M-4	Dyskusja dydaktyczna i analiza sprawozdań.

Sposoby oceny

KOD	Sposób oceny
S-1	Ocena formująca: "Wejściówki" na początku zajęć sprawdzające stopień przyswojenia przez studenta partii materiału opanowanej dzięki pracy własnej.
S-2	Ocena formująca: "Wyjściówki" - ocena poprawności wykonania ćwiczeń laboratoryjnych na podstawie analizy wyników wykonywanych testów.
S-3	Ocena formująca: Ocena aktywności studenta na zajęciach.
S-4	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
S-5	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BL_2A_BLM-S-D2_W01 W zakresie wiedzy student nazywa, rozróżnia oraz charakteryzuje zarówno klasyczne, jak i nowoczesne techniki laboratoryjne wykorzystywane w mikrobiologii.	BL_2A_W03, BL_2A_W05, BL_2A_W08	P2A_W01, P2A_W02, P2A_W03, P2A_W04, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07	C-1	T-W-2, T-W-1, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-3, T-W-4, T-A-1, T-A-3, T-A-2, T-A-4, T-A-5	M-1, M-2	S-1, S-3, S-4, S-5

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BL_2A_BLM-S-D2_U01 W zakresie umiejętności student odpowiednio dobiera i wykorzystuje zarówno klasyczne testy fenotypowe, jak również nowoczesne testy immunologiczne i molekularne.	BL_2A_U06	P2A_U01, P2A_U03, P2A_U06	C-2	T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-7, T-L-8, T-L-9	M-2, M-3	S-2, S-3, S-4
BL_2A_BLM-S-D2_U02 W zakresie umiejętności student weryfikuje uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.	BL_2A_U06	P2A_U01, P2A_U03, P2A_U06	C-2	T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-7, T-L-8, T-L-9	M-4, M-3	S-2, S-3
BL_2A_BLM-S-D2_U03 W zakresie umiejętności student opracuje (zaprojektuje), z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico, nowe i/lub zoptymalizuje istniejące procedury badawcze.	BL_2A_U07, BL_2A_U06	P2A_U01, P2A_U03, P2A_U05, P2A_U06	C-2	T-A-4, T-A-5	M-4, M-2	S-3, S-4

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BL_2A_BLM-S-D2_K01 W zakresie kompetencji student jest zdolny do wyboru odpowiedniej techniki laboratoryjnej w zależności od wyznaczonego celu oraz wykazuje kreatywność w tworzeniu nowych lub optymalizowaniu istniejących procedur badawczych.	BL_2A_K02, BL_2A_K03, BL_2A_K05	P2A_K01, P2A_K02, P2A_K03, P2A_K04, P2A_K05, P2A_K07, P2A_K08	C-2, C-1	T-A-4, T-A-5	M-4, M-1, M-2	S-2, S-3, S-4

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BL_2A_BLM-S-D2_W01 W zakresie wiedzy student nazywa, rozróżnia oraz charakteryzuje zarówno klasyczne, jak i nowoczesne techniki laboratoryjne wykorzystywane w mikrobiologii.	2,0	Student nie potrafi w najprostszym zakresie objaśnić klasycznych i nowoczesnych technik laboratoryjnych wykorzystywanych w mikrobiologii; nie potrafi zdefiniować podstawowych pojęć.
	3,0	Student posiada wiedzę z zakresu klasycznych i nowoczesnych technik laboratoryjnych wykorzystywanych w mikrobiologii; w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów.
	3,5	Student objaśnia klasyczne i nowoczesne techniki laboratoryjne wykorzystywane w mikrobiologii w stopniu zadowalającym; w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe.
	4,0	Student szczegółowo objaśnia klasyczne i nowoczesne techniki laboratoryjne wykorzystywane w mikrobiologii; w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje duże zainteresowanie.
	4,5	Student wyczerpująco objaśnia klasyczne i nowoczesne techniki laboratoryjne wykorzystywane w mikrobiologii; w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje duże zainteresowanie.
	5,0	Student wykazuje dogłębną wiedzę na temat klasycznych i nowoczesnych technik laboratoryjnych wykorzystywanych w mikrobiologii; w zakresie rozumienia wiedzy opanował wszystkie treści programowe.

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BL_2A_BLM-S-D2_U01 W zakresie umiejętności student odpowiednio dobiera i wykorzystuje zarówno klasyczne testy fenotypowe, jak również nowoczesne testy immunologiczne i molekularne.	2,0	Student nie potrafi odpowiednio dobrać i wykorzystać klasycznych oraz nowoczesnych technik laboratoryjnych.
	3,0	Student potrafi w dostateczny sposób odpowiednio dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.
	3,5	Student potrafi na średnim poziomie odpowiednio dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.
	4,0	Student potrafi na dobrym poziomie odpowiednio dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.
	4,5	Student potrafi dobrze dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.
	5,0	Student potrafi bardzo dobrze dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.
BL_2A_BLM-S-D2_U02 W zakresie umiejętności student weryfikuje uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.	2,0	Student nie potrafi weryfikować uzyskiwanych wyników badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	3,0	Student potrafi w dostateczny sposób weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	3,5	Student potrafi na średnim poziomie weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	4,0	Student potrafi na dobrym poziomie weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	4,5	Student potrafi dobrze weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	5,0	Student potrafi bardzo dobrze weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
BL_2A_BLM-S-D2_U03 W zakresie umiejętności student opracuje (zaprojektuje), z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico, nowe i/lub zoptymalizuje istniejące procedury badawcze.	2,0	Student nie potrafi opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowych i/lub zoptymalizować istniejących procedur badawczych.
	3,0	Student potrafi w dostateczny sposób opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.
	3,5	Student potrafi na średnim poziomie opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.
	4,0	Student potrafi na dobrym poziomie opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.
	4,5	Student potrafi dobrze opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.
	5,0	Student potrafi bardzo dobrze opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BL_2A_BLM-S-D2_K01 W zakresie kompetencji student jest zdolny do wyboru odpowiedniej techniki laboratoryjnej w zależności od wyznaczonego celu oraz wykazuje kreatywność w tworzeniu nowych lub optymalizowaniu istniejących procedur badawczych.	2,0	Student nie jest zdolny do wyboru odpowiedniej techniki laboratoryjnej w zależności od wyznaczonego celu oraz nie wykazuje kreatywności w tworzeniu nowych lub optymalizowaniu istniejących procedur badawczych.
	3,0	Student jest zdolny do wyboru odpowiedniej techniki laboratoryjnej w zależności od wyznaczonego celu oraz wykazuje kreatywność w tworzeniu nowych lub optymalizowaniu istniejących procedur badawczych.
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0	Student jest zdolny i w pełni kompetentny w zakresie wyboru odpowiedniej techniki laboratoryjnej w zależności od wyznaczonego celu oraz wykazuje kreatywność w tworzeniu nowych lub optymalizowaniu istniejących procedur badawczych.

Literatura podstawowa

Grzybowski J., Reiss J., Praktyczna bakteriologia lekarska i sanitarna, Dom Wydawniczy Bellona, Warszawa, 2001
Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M., Mikrobiologia lekarska, Wydaw. Lekarskie PZWL, Warszawa, 2007
Krawczyk B., Kur J., Diagnostyka molekularna w mikrobiologii, Wydaw. PG, Gdańsk, 2008
Prastowska-Kątnik I. (red.), Immunochemia w biologii medycznej. Metody laboratoryjne, Wydaw. Naukowe PWN, Warszawa, 2009
Tomaszewski J.J., Diagnostyka laboratoryjna, PZWL, Warszawa, 1993
Zaremba M.L., Borowski J., Mikrobiologia lekarska, Wydaw. Lekarskie PZWL, Warszawa, 1997

Literatura dodatkowa

Bednarski W., Reps A., Biotechnologia żywności, WNT, Lublin, 2003
Boroń-Kaczmarska A., Furowicz A.J., Choroby odzwierzęce przenoszone drogą pokarmową, Wydaw. Lekarskie PZWL, Warszawa, 1999
Czernomysy-Furowicz D., Karakulska J., Nawrotek P., Laboratoryjne eksperymenty w mikrobiologii, Wydaw. AR w Szczecinie, Szczecin, 2006
Jędrychowski W., Epidemiologia w medycynie klinicznej i zdrowiu publicznym, Wydaw. UJ, Kraków, 2010
Kowalski M.L., Immunologia kliniczna, Mediton Oficyna Wydawnicza, Łódź, 2000
Singleton P., Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie, Wydaw. Naukowe PWN, Warszawa, 2000

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KOD	Treść programowa	Godziny
T-A-1	Techniki laboratoryjne w chorobach zakaźnych. Postulaty GLP (ang. Good Laboratory Practice) w praktyce laboratoryjnej.	2
T-A-2	Pobieranie i transport prób materiałów do badań. Techniki fenotypowe w badaniach mikrobiologicznych.	2
T-A-3	Identyfikacja i analiza wybranych patogenów bakteryjnych – przykładowe procedury.	2
T-A-4	Przygotowanie i optymalizacja diagnostyki molekularnej, z użyciem technik in silico. Opracowywanie procedur diagnostycznych w oparciu o analizę in silico sekwencji nukleotydowych wybranych mikroorganizmów chorobotwórczych.	2
T-A-5	Filogenetyka molekularna i jej zastosowanie w badaniach mikrobiologicznych.	2
		10

Treści programowe - laboratoria

KOD	Treść programowa	Godziny
T-L-1	Metody izolacji drobnoustrojów z różnych środowisk naturalnych (woda, gleba, powietrze) i określanie ich liczebności. Izolowanie czystych kultur.	4
T-L-2	Analiza mikrobiologiczna wody do celów sanitarnych. Oznaczanie bakterii grupy coli – miano coli.	2
T-L-3	Prowadzenie hodowli bakteryjnych na różnych podłożach.	2
T-L-4	Prowadzenie obserwacji mikroskopowych: przygotowywanie preparatów barwionych metodami prostymi i złożonymi, obserwacje przyżyciowe.	2
T-L-5	Hodowla drobnoustrojów w warunkach tlenowych i beztlenowych.	2
T-L-6	Metody identyfikacji drobnoustrojów na podstawie cech biochemicznych.	2
T-L-7	Metody oznaczania wrażliwości bakterii na antybiotyki.	2
T-L-8	Metody oznaczania liczby bakterii.	2
T-L-9	Metody genetyczne w identyfikacji drobnoustrojów.	2
		20

Treści programowe - wykłady

KOD	Treść programowa	Godziny
T-W-1	Techniki molekularne w wykrywaniu patogenów bakteryjnych występujących w żywności – aspekty praktyczne.	3
T-W-2	Techniki immunologiczne w badaniach odporności przeciwzakaźnej.	2
T-W-3	Ilościowe testy immunologiczne: immunofluorescencja (IFA), odczyny radioimmunologiczne (RIA), odczyny immunoenzymatyczne (EIA, ELISA).	2
T-W-4	Metody szybkiego immunofenotypowania krążących komórek (antygenów) – immunocytometria.	2
T-W-5	Przeciwciała monoklonalne i ich zastosowanie.	2
T-W-6	Identyfikacja drobnoustrojów w oparciu o analizę genomu.	2
T-W-7	Techniki „blotting”. Wykrywanie czynników niekonwencjonalnych.	2
		15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-A-1	Uczestnictwo w zajęciach.	10
A-A-2	Studiowanie literatury przedmiotu.	5
A-A-3	Przygotowanie się do "wejściówek".	9
A-A-4	Przygotowanie się do zaliczenia ćwiczeń audytoryjnych.	5
A-A-5	Pisemne zaliczenie ćwiczeń audytoryjnych.	1
		30

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - laboratoria

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-L-1	Uczestnictwo w zajęciach.	20
A-L-2	Przygotowanie się do "wejściówek".	5
A-L-3	Przygotowanie się do kolokwiów.	5
		30

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-W-1	Uczestnictwo w wykładach.	15
A-W-2	Studiowanie literatury przedmiotu.	6
A-W-3	Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.	8
A-W-4	Pisemne zaliczenie wykładów.	1
		30

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BL_2A_BLM-S-D2_W01	W zakresie wiedzy student nazywa, rozróżnia oraz charakteryzuje zarówno klasyczne, jak i nowoczesne techniki laboratoryjne wykorzystywane w mikrobiologii.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BL_2A_W03	wykazuje się zaawansowaną znajomością metod, technik, technologii, narzędzi i materiałów pozwalających na badanie i wykorzystanie potencjału przyrody
	BL_2A_W05	posiada zaawansowaną wiedzę na temat możliwości wykorzystania metod obliczeniowych i informatycznych do modelowania zjawisk i procesów zachodzących na wszystkich poziomach hierarchicznej organizacji biologicznej
	BL_2A_W08	ma pogłębioną wiedzę na temat czynników zakaźnych organizmów żywych występujących w ekosystemie, jak również zna możliwości zabezpieczania się przed tymi czynnikami oraz wykorzystanie tych czynników przez człowieka
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P2A_W01	rozumie złożone zjawiska i procesy przyrodnicze
	P2A_W02	konsekwentnie stosuje i upowszechnia zasadę ścisłego, opartego na danych empirycznych, interpretowania zjawisk i procesów przyrodniczych w pracy badawczej i działaniach praktycznych
	P2A_W03	ma pogłębioną wiedzę z zakresu tych nauk ścisłych, z którymi związany jest studiowany kierunek studiów (w szczególności biofizyka, biochemia, biomatematyka, geochemia, biogeochemia, geofizyka)
	P2A_W04	ma pogłębioną wiedzę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów umożliwiającą dostrzeganie związków i zależności w przyrodzie
	P2A_W05	ma wiedzę w zakresie aktualnie dyskutowanych w literaturze kierunkowej problemów z wybranej dziedziny nauki i dyscypliny naukowej
	P2A_W06	ma wiedzę w zakresie statystyki na poziomie prognozowania (modelowania) przebiegu zjawisk i procesów przyrodniczych oraz ma znajomość specjalistycznych narzędzi informatycznych
	P2A_W07	ma wiedzę w zakresie zasad planowania badań z wykorzystaniem technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotu	C-1	Głównym celem przedmiotu jest przekazanie studentom specjalistycznej wiedzy z zakresu klasycznych i nowoczesnych technik labaoratoryjnych stosowanych w mikrobiologii.
Treści programowe	T-W-2	Techniki immunologiczne w badaniach odporności przeciwzakaźnej.
	T-W-1	Techniki molekularne w wykrywaniu patogenów bakteryjnych występujących w żywności – aspekty praktyczne.
	T-W-5	Przeciwciała monoklonalne i ich zastosowanie.
	T-W-6	Identyfikacja drobnoustrojów w oparciu o analizę genomu.
	T-W-7	Techniki „blotting”. Wykrywanie czynników niekonwencjonalnych.
	T-W-3	Ilościowe testy immunologiczne: immunofluorescencja (IFA), odczyny radioimmunologiczne (RIA), odczyny immunoenzymatyczne (EIA, ELISA).
	T-W-4	Metody szybkiego immunofenotypowania krążących komórek (antygenów) – immunocytometria.
	T-A-1	Techniki laboratoryjne w chorobach zakaźnych. Postulaty GLP (ang. Good Laboratory Practice) w praktyce laboratoryjnej.
	T-A-3	Identyfikacja i analiza wybranych patogenów bakteryjnych – przykładowe procedury.
	T-A-2	Pobieranie i transport prób materiałów do badań. Techniki fenotypowe w badaniach mikrobiologicznych.
	T-A-4	Przygotowanie i optymalizacja diagnostyki molekularnej, z użyciem technik in silico. Opracowywanie procedur diagnostycznych w oparciu o analizę in silico sekwencji nukleotydowych wybranych mikroorganizmów chorobotwórczych.
	T-A-5	Filogenetyka molekularna i jej zastosowanie w badaniach mikrobiologicznych.
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny z wykorzystaniem prezentacji multimedialnej.
Metody nauczania	M-2	Opis technik laboratoryjnych stosowanych w mikrobiologii z wykorzystaniem specjalistycznych programów komputerowych i prezentacji multimedialnej.
Sposób oceny	S-1	Ocena formująca: "Wejściówki" na początku zajęć sprawdzające stopień przyswojenia przez studenta partii materiału opanowanej dzięki pracy własnej.
	S-3	Ocena formująca: Ocena aktywności studenta na zajęciach.
	S-4	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
	S-5	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student nie potrafi w najprostszym zakresie objaśnić klasycznych i nowoczesnych technik laboratoryjnych wykorzystywanych w mikrobiologii; nie potrafi zdefiniować podstawowych pojęć.
	3,0	Student posiada wiedzę z zakresu klasycznych i nowoczesnych technik laboratoryjnych wykorzystywanych w mikrobiologii; w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów.
	3,5	Student objaśnia klasyczne i nowoczesne techniki laboratoryjne wykorzystywane w mikrobiologii w stopniu zadowalającym; w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe.
	4,0	Student szczegółowo objaśnia klasyczne i nowoczesne techniki laboratoryjne wykorzystywane w mikrobiologii; w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje duże zainteresowanie.
	4,5	Student wyczerpująco objaśnia klasyczne i nowoczesne techniki laboratoryjne wykorzystywane w mikrobiologii; w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje duże zainteresowanie.
	5,0	Student wykazuje dogłębną wiedzę na temat klasycznych i nowoczesnych technik laboratoryjnych wykorzystywanych w mikrobiologii; w zakresie rozumienia wiedzy opanował wszystkie treści programowe.

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BL_2A_BLM-S-D2_U01	W zakresie umiejętności student odpowiednio dobiera i wykorzystuje zarówno klasyczne testy fenotypowe, jak również nowoczesne testy immunologiczne i molekularne.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BL_2A_U06	potrafi przeprowadzać specjalistyczne prace eksperymentalne, potrafi stosować metody biologii i diagnostyki laboratoryjnej, potrafi wykonywać analizy laboratoryjne i posługiwać się sprzętem analitycznym i aparaturą badawczą, posiada umiejętność prowadzenia prac badawczych z użyciem materiału biologicznego, potrafi przeprowadzić badanie lub eksperyment z zastosowaniem zaawansowanych technik mikroskopowych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P2A_U01	stosuje zaawansowane techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	P2A_U03	wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych
	P2A_U06	zbiera i interpretuje dane empiryczne oraz na tej podstawie formułuje odpowiednie wnioski
Cel przedmiotu	C-2	Zapoznanie studentów z praktycznymi aspektami wykonywania badań z użyciem klasycznych testów fenotypowych, jak również nowoczesnych testów immunologicznych i molekularnych; weryfikowania uzyskiwanych wyników (walidacja testów); opracowywania (projektowania) nowych i optymalizowania istniejących procedur diagnostycznych, wykorzystujących wybrane techniki laboratoryjne, w celu szybszej oraz bardziej wiarygodnej identyfikacji i analizy zjadliwości czynników zakaźnych.
Treści programowe	T-L-1	Metody izolacji drobnoustrojów z różnych środowisk naturalnych (woda, gleba, powietrze) i określanie ich liczebności. Izolowanie czystych kultur.
	T-L-2	Analiza mikrobiologiczna wody do celów sanitarnych. Oznaczanie bakterii grupy coli – miano coli.
	T-L-3	Prowadzenie hodowli bakteryjnych na różnych podłożach.
	T-L-4	Prowadzenie obserwacji mikroskopowych: przygotowywanie preparatów barwionych metodami prostymi i złożonymi, obserwacje przyżyciowe.
	T-L-5	Hodowla drobnoustrojów w warunkach tlenowych i beztlenowych.
	T-L-6	Metody identyfikacji drobnoustrojów na podstawie cech biochemicznych.
	T-L-7	Metody oznaczania wrażliwości bakterii na antybiotyki.
	T-L-8	Metody oznaczania liczby bakterii.
	T-L-9	Metody genetyczne w identyfikacji drobnoustrojów.
Metody nauczania	M-2	Opis technik laboratoryjnych stosowanych w mikrobiologii z wykorzystaniem specjalistycznych programów komputerowych i prezentacji multimedialnej.
Metody nauczania	M-3	Ćwiczenia laboratoryjne (identyfikacja i analiza określonych drobnoustrojów z użyciem wybranych technik laboratoryjnych; praca indywidualna i w grupach).
Sposób oceny	S-2	Ocena formująca: "Wyjściówki" - ocena poprawności wykonania ćwiczeń laboratoryjnych na podstawie analizy wyników wykonywanych testów.
	S-3	Ocena formująca: Ocena aktywności studenta na zajęciach.
	S-4	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student nie potrafi odpowiednio dobrać i wykorzystać klasycznych oraz nowoczesnych technik laboratoryjnych.
	3,0	Student potrafi w dostateczny sposób odpowiednio dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.
	3,5	Student potrafi na średnim poziomie odpowiednio dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.
	4,0	Student potrafi na dobrym poziomie odpowiednio dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.
	4,5	Student potrafi dobrze dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.
	5,0	Student potrafi bardzo dobrze dobrać i wykorzystać klasyczne oraz nowoczesne techniki laboratoryjne.

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BL_2A_BLM-S-D2_U02	W zakresie umiejętności student weryfikuje uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BL_2A_U06	potrafi przeprowadzać specjalistyczne prace eksperymentalne, potrafi stosować metody biologii i diagnostyki laboratoryjnej, potrafi wykonywać analizy laboratoryjne i posługiwać się sprzętem analitycznym i aparaturą badawczą, posiada umiejętność prowadzenia prac badawczych z użyciem materiału biologicznego, potrafi przeprowadzić badanie lub eksperyment z zastosowaniem zaawansowanych technik mikroskopowych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P2A_U01	stosuje zaawansowane techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	P2A_U03	wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych
	P2A_U06	zbiera i interpretuje dane empiryczne oraz na tej podstawie formułuje odpowiednie wnioski
Cel przedmiotu	C-2	Zapoznanie studentów z praktycznymi aspektami wykonywania badań z użyciem klasycznych testów fenotypowych, jak również nowoczesnych testów immunologicznych i molekularnych; weryfikowania uzyskiwanych wyników (walidacja testów); opracowywania (projektowania) nowych i optymalizowania istniejących procedur diagnostycznych, wykorzystujących wybrane techniki laboratoryjne, w celu szybszej oraz bardziej wiarygodnej identyfikacji i analizy zjadliwości czynników zakaźnych.
Treści programowe	T-L-1	Metody izolacji drobnoustrojów z różnych środowisk naturalnych (woda, gleba, powietrze) i określanie ich liczebności. Izolowanie czystych kultur.
	T-L-2	Analiza mikrobiologiczna wody do celów sanitarnych. Oznaczanie bakterii grupy coli – miano coli.
	T-L-3	Prowadzenie hodowli bakteryjnych na różnych podłożach.
	T-L-4	Prowadzenie obserwacji mikroskopowych: przygotowywanie preparatów barwionych metodami prostymi i złożonymi, obserwacje przyżyciowe.
	T-L-5	Hodowla drobnoustrojów w warunkach tlenowych i beztlenowych.
	T-L-6	Metody identyfikacji drobnoustrojów na podstawie cech biochemicznych.
	T-L-7	Metody oznaczania wrażliwości bakterii na antybiotyki.
	T-L-8	Metody oznaczania liczby bakterii.
	T-L-9	Metody genetyczne w identyfikacji drobnoustrojów.
Metody nauczania	M-4	Dyskusja dydaktyczna i analiza sprawozdań.
Metody nauczania	M-3	Ćwiczenia laboratoryjne (identyfikacja i analiza określonych drobnoustrojów z użyciem wybranych technik laboratoryjnych; praca indywidualna i w grupach).
Sposób oceny	S-2	Ocena formująca: "Wyjściówki" - ocena poprawności wykonania ćwiczeń laboratoryjnych na podstawie analizy wyników wykonywanych testów.
Sposób oceny	S-3	Ocena formująca: Ocena aktywności studenta na zajęciach.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student nie potrafi weryfikować uzyskiwanych wyników badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	3,0	Student potrafi w dostateczny sposób weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	3,5	Student potrafi na średnim poziomie weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	4,0	Student potrafi na dobrym poziomie weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	4,5	Student potrafi dobrze weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.
	5,0	Student potrafi bardzo dobrze weryfikować uzyskiwane wyniki badań realizowanych z użyciem wybranych technik laboratoryjnych.

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BL_2A_BLM-S-D2_U03	W zakresie umiejętności student opracuje (zaprojektuje), z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico, nowe i/lub zoptymalizuje istniejące procedury badawcze.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BL_2A_U07	ma pogłębioną wiedzę bioinformatyczną i posiada umiejętność jej stosowania w pracy biologa, posługuje się metodami statystyki matematycznej w analizie danych doświadczalnych i obserwacji biologicznych;
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BL_2A_U06	potrafi przeprowadzać specjalistyczne prace eksperymentalne, potrafi stosować metody biologii i diagnostyki laboratoryjnej, potrafi wykonywać analizy laboratoryjne i posługiwać się sprzętem analitycznym i aparaturą badawczą, posiada umiejętność prowadzenia prac badawczych z użyciem materiału biologicznego, potrafi przeprowadzić badanie lub eksperyment z zastosowaniem zaawansowanych technik mikroskopowych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P2A_U01	stosuje zaawansowane techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	P2A_U03	wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych
	P2A_U05	stosuje metody statystyczne oraz techniki i narzędzia informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych o charakterze specjalistycznym
	P2A_U06	zbiera i interpretuje dane empiryczne oraz na tej podstawie formułuje odpowiednie wnioski
Cel przedmiotu	C-2	Zapoznanie studentów z praktycznymi aspektami wykonywania badań z użyciem klasycznych testów fenotypowych, jak również nowoczesnych testów immunologicznych i molekularnych; weryfikowania uzyskiwanych wyników (walidacja testów); opracowywania (projektowania) nowych i optymalizowania istniejących procedur diagnostycznych, wykorzystujących wybrane techniki laboratoryjne, w celu szybszej oraz bardziej wiarygodnej identyfikacji i analizy zjadliwości czynników zakaźnych.
Treści programowe	T-A-4	Przygotowanie i optymalizacja diagnostyki molekularnej, z użyciem technik in silico. Opracowywanie procedur diagnostycznych w oparciu o analizę in silico sekwencji nukleotydowych wybranych mikroorganizmów chorobotwórczych.
Treści programowe	T-A-5	Filogenetyka molekularna i jej zastosowanie w badaniach mikrobiologicznych.
Metody nauczania	M-4	Dyskusja dydaktyczna i analiza sprawozdań.
Metody nauczania	M-2	Opis technik laboratoryjnych stosowanych w mikrobiologii z wykorzystaniem specjalistycznych programów komputerowych i prezentacji multimedialnej.
Sposób oceny	S-3	Ocena formująca: Ocena aktywności studenta na zajęciach.
Sposób oceny	S-4	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student nie potrafi opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowych i/lub zoptymalizować istniejących procedur badawczych.
	3,0	Student potrafi w dostateczny sposób opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.
	3,5	Student potrafi na średnim poziomie opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.
	4,0	Student potrafi na dobrym poziomie opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.
	4,5	Student potrafi dobrze opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.
	5,0	Student potrafi bardzo dobrze opracować (zaprojektować) z użyciem odpowiednio dobranych technik in silico nowe i/lub zoptymalizować istniejące procedury badawcze.

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BL_2A_BLM-S-D2_K01	W zakresie kompetencji student jest zdolny do wyboru odpowiedniej techniki laboratoryjnej w zależności od wyznaczonego celu oraz wykazuje kreatywność w tworzeniu nowych lub optymalizowaniu istniejących procedur badawczych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BL_2A_K02	ma przekonanie o wartości i potrzebie odnoszenia zdobytej wiedzy ogólnej i kierunkowej w działaniach zawodowych, samorealizacji i rozwoju osobistym
	BL_2A_K03	rozumie potrzebę ukierunkowanego rozwijania własnej aktywności poznawczej i kompetencji zawodowych; wykazuje samodzielność poznawczą w oparciu o różne naukowe źródła informacji
	BL_2A_K05	wykazuje zdyscyplinowanie w pracy indywidualnej oraz aktywnie uczestniczy w pracy grupowej; samodzielnie i kreatywnie potrafi planować, organizować i realizować działania własne oraz zespołowe
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P2A_K01	rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
	P2A_K02	potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
	P2A_K03	potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
	P2A_K04	prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
	P2A_K05	rozumie potrzebę systematycznego zapoznawania się z czasopismami naukowymi i popularnonaukowymi, podstawowymi dla studiowanego kierunku studiów, w celu poszerzania i pogłębiania wiedzy
	P2A_K07	systematycznie aktualizuje wiedzę przyrodniczą i zna jej praktyczne zastosowania
	P2A_K08	potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotu	C-2	Zapoznanie studentów z praktycznymi aspektami wykonywania badań z użyciem klasycznych testów fenotypowych, jak również nowoczesnych testów immunologicznych i molekularnych; weryfikowania uzyskiwanych wyników (walidacja testów); opracowywania (projektowania) nowych i optymalizowania istniejących procedur diagnostycznych, wykorzystujących wybrane techniki laboratoryjne, w celu szybszej oraz bardziej wiarygodnej identyfikacji i analizy zjadliwości czynników zakaźnych.
Cel przedmiotu	C-1	Głównym celem przedmiotu jest przekazanie studentom specjalistycznej wiedzy z zakresu klasycznych i nowoczesnych technik labaoratoryjnych stosowanych w mikrobiologii.
Treści programowe	T-A-4	Przygotowanie i optymalizacja diagnostyki molekularnej, z użyciem technik in silico. Opracowywanie procedur diagnostycznych w oparciu o analizę in silico sekwencji nukleotydowych wybranych mikroorganizmów chorobotwórczych.
Treści programowe	T-A-5	Filogenetyka molekularna i jej zastosowanie w badaniach mikrobiologicznych.
Metody nauczania	M-4	Dyskusja dydaktyczna i analiza sprawozdań.
	M-1	Wykład informacyjny z wykorzystaniem prezentacji multimedialnej.
	M-2	Opis technik laboratoryjnych stosowanych w mikrobiologii z wykorzystaniem specjalistycznych programów komputerowych i prezentacji multimedialnej.
Sposób oceny	S-2	Ocena formująca: "Wyjściówki" - ocena poprawności wykonania ćwiczeń laboratoryjnych na podstawie analizy wyników wykonywanych testów.
	S-3	Ocena formująca: Ocena aktywności studenta na zajęciach.
	S-4	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student nie jest zdolny do wyboru odpowiedniej techniki laboratoryjnej w zależności od wyznaczonego celu oraz nie wykazuje kreatywności w tworzeniu nowych lub optymalizowaniu istniejących procedur badawczych.
	3,0	Student jest zdolny do wyboru odpowiedniej techniki laboratoryjnej w zależności od wyznaczonego celu oraz wykazuje kreatywność w tworzeniu nowych lub optymalizowaniu istniejących procedur badawczych.
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0	Student jest zdolny i w pełni kompetentny w zakresie wyboru odpowiedniej techniki laboratoryjnej w zależności od wyznaczonego celu oraz wykazuje kreatywność w tworzeniu nowych lub optymalizowaniu istniejących procedur badawczych.