Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (S2)
specjalność: Biologia wód
Sylabus przedmiotu Filogenetyka molekularna:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister | ||
| Obszary studiów | nauk przyrodniczych | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Filogenetyka molekularna | ||
| Specjalność | Biologia molekularna i podstawy analityki | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Inga Kowalewska <inga.kowalewska-luczak@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | 7 | Grupa obieralna | 3 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Znajomość podstaw z zakresu genetyki, genetyki molekularnej, biologii komórki i ewolucjonizmu. |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Przedstawienie podstawowych pojęć z zakresu filogenetyki molekularnej. Zaprezentowanie drzew filogenetycznych i zegara molekularnego oraz możliwości ich wykorzystania w analizach. |
| C-2 | Przedstawienie filogenezy molekularnej jako podstawy biologii porównawczej i ewolucyjnej. |
| C-3 | Przedstawienie możliwości wykorzystywania filogenezy molekularnej w różnych dziedzinach nauki. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Kladystyka a fenetyka. | 2 |
| T-A-2 | Czynniki wpływające na ewolucję sekwencji nukleotydowych i ewolucję białek. | 2 |
| T-A-3 | Metody i etapy konstrukcji drzew filogenetycznych. | 4 |
| T-A-4 | Wiarygodność drzew i drzewa uzgodnione. | 2 |
| T-A-5 | Przegląd programów komputerowych do analiz filogenetycznych. | 2 |
| T-A-6 | Zastosowanie analizy filogenetycznej i perspektywy wykorzystania w przyłości. | 3 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Podstawy filogenetyki molekularnej | 2 |
| T-W-2 | Drzewa filogenetyczne | 2 |
| T-W-3 | Hipoteza „zegara molekularnego”. | 2 |
| T-W-4 | Filogeneza a systematyka | 2 |
| T-W-5 | Kryterium parsymonii | 2 |
| T-W-6 | Metody związane z największą wiarygodnością. | 2 |
| T-W-7 | Filogeneza jako podstawa biologii porównawczej i ewolucyjnej oraz paleontologia molekularna. | 3 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Uczestniczenie w ćwiczeniach. | 15 |
| A-A-2 | Samodzielne studiowanie materiałów ćwiczeniowych | 5 |
| A-A-3 | Studiowanie zalecanej literatury. | 10 |
| A-A-4 | Konsultacje | 4 |
| A-A-5 | Przygotowanie do zaliczenia treści ćwiczeniowych. | 8 |
| A-A-6 | Zaliczenie treści ćwiczeniowych. | 3 |
| 45 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Uczestniczenie w wykładach. | 15 |
| A-W-2 | Samodzielne studiowanie materiałów wykładowych i zalecanej literatury. | 8 |
| A-W-3 | Przygotowanie do zaliczenia treści wykładowych. | 10 |
| A-W-4 | Zaliczenie treści wykładowych. | 4 |
| A-W-5 | Konsultacje | 6 |
| A-W-6 | Omówienie wyników zaliczenia | 2 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład informacyjny |
| M-2 | Prelekcja |
| M-3 | Opis |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: pisemna praca zaliczająca |
| S-2 | Ocena formująca: ocena prezentacjai/referatu z danego zakresu materiału |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-O4.1_W01 zna teorię konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej i systematyki klasycznej | BL_2A_W05, BL_2A_W12 | P2A_W01, P2A_W03, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07 | C-2, C-1 | T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-6, T-W-5, T-W-1, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4 | M-1 | S-1 |
| BL_2A_BLM-S-O4.1_W02 ma wiedzę z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | BL_2A_W12 | P2A_W01, P2A_W05, P2A_W07 | C-3 | T-W-7, T-A-5, T-A-6 | M-2 | S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-O4.1_U01 umie skonstruować drzewo filogenetyczne wybranego gatunku | BL_2A_U07 | P2A_U03, P2A_U05 | C-1 | T-W-2, T-W-3, T-A-3, T-A-4, T-A-5 | M-3 | S-1 |
| BL_2A_BLM-S-O4.1_U02 analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | BL_2A_U09 | P2A_U01, P2A_U02, P2A_U04, P2A_U05 | C-2, C-3 | T-W-7, T-A-6 | M-1 | S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-O4.1_K01 dostrzega i analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki | BL_2A_K01 | P2A_K04, P2A_K07 | C-2, C-3 | T-W-7, T-A-6 | M-2 | S-2 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-O4.1_W01 zna teorię konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej i systematyki klasycznej | 2,0 | Student ma podstawową z licznymi uchybieniami wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz nie ma wiedzy na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej |
| 3,0 | Student ma podstawową z drobnymi uchybieniami wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma podstawową z licznymi brakami wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej | |
| 3,5 | Student ma podstawową wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma podstawową z licznymi brakami wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej | |
| 4,0 | Student ma dobrą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma ogólną wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej | |
| 4,5 | Student ma doskonałą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma dobrą wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej | |
| 5,0 | Student ma ugruntowaną i najnowszą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma doskonałą wiedzę na temat odnieisienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej | |
| BL_2A_BLM-S-O4.1_W02 ma wiedzę z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | 2,0 | Student nie posiada wiedzy z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki |
| 3,0 | Student posiada wiedzę podstawową z licznymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | |
| 3,5 | Student posiada wiedzę podstawową z drobnymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | |
| 4,0 | Student ma ugruntowaną wiedzę podstawową z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | |
| 4,5 | Student ma ugruntowaną wiedzę podstawową oraz wiedzę najnowszą z drobnymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | |
| 5,0 | Student ma ugruntowaną wiedzę podstawową i najnowszą z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-O4.1_U01 umie skonstruować drzewo filogenetyczne wybranego gatunku | 2,0 | Student nie umie skonstruować drzewa filogenetycznego dla wybranego gatunku |
| 3,0 | Student konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku | |
| 3,5 | Student poprawnie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku | |
| 4,0 | Student dobrze z niewielkimi błędami konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku | |
| 4,5 | Student dobrze i świadomie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku | |
| 5,0 | Student doskonale i świadomie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku | |
| BL_2A_BLM-S-O4.1_U02 analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | 2,0 | Student nie umie przeanalizować roli filogenetyki molekularnej w róznych dziedzianch życia |
| 3,0 | Student analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia | |
| 3,5 | Student prawidłowo analizuje i słabo omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia | |
| 4,0 | Student dobrze analizuje i poprawnie omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia | |
| 4,5 | Student biegle analizuje i dobrze omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia | |
| 5,0 | Student doskonale analizuje i biegle omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-O4.1_K01 dostrzega i analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki | 2,0 | Student nie dostrzga i nie analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki |
| 3,0 | Student dostrzega i słabo analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki | |
| 3,5 | Student dość dobrze zauważa i słabo analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki | |
| 4,0 | Student dobrze zauważa i dobrze analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki | |
| 4,5 | Student dobrze zauważa i biegle analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki | |
| 5,0 | Student doskonale zauważa i biegle analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki |
Literatura podstawowa
- Hall B., Łatwe drzewa filogenetyczne, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008
- Higgs P.G., Attwood T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008
Literatura dodatkowa
- Avise J.C., Markery molekularne, historia naturalna i ewolucja, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008
- Krzanowska H., Łomnicki A., Zarys mechanizmów ewolucji, PWN, Warszawa, 2002