Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)

Sylabus przedmiotu Analiza sekwencji nukleotydowych in silico:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot Analiza sekwencji nukleotydowych in silico
Specjalność Biotechnologia w produkcji zwierzęcej i ochronie środowiska
Jednostka prowadząca Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających
Nauczyciel odpowiedzialny Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Daniel Zaborski <Daniel.Zaborski@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 5 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA3 15 1,50,41zaliczenie
wykładyW3 15 1,50,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Podstawowa znajomość obsługi komputera osobistego z dostępem do Internetu.
W-2Znajomość zagadnień z zakresu biologii molekularnej.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.2
T-A-2Analiza struktury rekordów GenBank.2
T-A-3Projektowanie starteów oligonukleotydowych.1
T-A-4Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico2
T-A-5Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)2
T-A-6Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.2
T-A-7Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego.2
T-A-8SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).1
T-A-9Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)1
15
wykłady
T-W-1Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.2
T-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.3
T-W-3Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)3
T-W-4Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.1
T-W-5Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.2
T-W-6Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.2
T-W-7Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Uczestnictwo w zajęciach audytoryjnych.15
A-A-2Przygotowanie projektu.10
A-A-3Samodzielne korzystanie z oprogramowania dostępnego on-line.15
A-A-4Przygotowanie do zaliczenia materiału zajęć audytoryjnych.5
45
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielna eksploracja baz danych sekwencji nukleotydowych.5
A-W-3Samodzielna analiza wyników sekwencjonowania DNA.5
A-W-4Czytanie wskazanej literatury.5
A-W-5Przygotowanie do zaliczenia treści wykładów.15
45

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny.
M-2Wykład konwersatoryjny.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-4Pokaz.

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści wykładów.
S-2Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści ćwiczeń audytoryjnych.
S-3Ocena podsumowująca: Ocena przygotowanego przez studenta projektu.

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_W01
Definiuje typy sekwencji nukleotydowych.		BT_2A_W06, BT_2A_W07R2A_W01, R2A_W03, R2A_W04, R2A_W06—C-1T-W-1, T-W-5, T-W-6, T-A-9M-1, M-2, M-3, M-4S-1
BT_2A_BTZ-S-O5.3_W02
Opisuje strukturę rekordów GenBank. Dobiera oprogramowanie wykorzystywane w analizach sekwencji nukleotydowych.		BT_2A_W07R2A_W03, R2A_W06—C-1T-W-2, T-W-7, T-W-3, T-W-4, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-A-8M-1, M-2, M-3, M-4S-2, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_U01
Potrafi przeprowadzić wybrane analizy sekwencji nukleotydowych in silico.		BT_2A_U05R2A_U01, R2A_U03, R2A_U04, R2A_U05, R2A_U06, R2A_U07InzA2_U01, InzA2_U05, InzA2_U08C-1T-W-1, T-W-2, T-W-7, T-W-3, T-W-5, T-W-4, T-W-6, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-A-8, T-A-9M-1, M-2, M-3, M-4S-1, S-2, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_K01
Ma świadomość istnienia oprogramowania komputerowego wykorzystywanego w analizie sekwencji nukleotydowych.		BT_2A_K07R2A_K01, R2A_K07—C-1T-W-1, T-W-2, T-W-7, T-W-3, T-W-5, T-W-4, T-W-6, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-A-8, T-A-9M-1, M-2, M-3, M-4S-1, S-2, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_W01
Definiuje typy sekwencji nukleotydowych.		2,0
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BTZ-S-O5.3_W02
Opisuje strukturę rekordów GenBank. Dobiera oprogramowanie wykorzystywane w analizach sekwencji nukleotydowych.		2,0
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_U01
Potrafi przeprowadzić wybrane analizy sekwencji nukleotydowych in silico.		2,0
3,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Brown T.A., Genomy, PWN, Warszawa, 2009
  2. Słomski R. (red.), Analiza DNA – teoria i praktyka, Wydawnictwo UP, Poznań, 2008
  3. Teresa Attwood, Paul G. Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011

Literatura dodatkowa

  1. Jo McEntyre, Jim Ostell, The NCBI Handbook, National Center for Biotechnology Information (US); 2002-., Bethesda (MD), 2010, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21101/

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.2
T-A-2Analiza struktury rekordów GenBank.2
T-A-3Projektowanie starteów oligonukleotydowych.1
T-A-4Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico2
T-A-5Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)2
T-A-6Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.2
T-A-7Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego.2
T-A-8SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).1
T-A-9Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)1
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.2
T-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.3
T-W-3Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)3
T-W-4Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.1
T-W-5Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.2
T-W-6Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.2
T-W-7Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.2
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Uczestnictwo w zajęciach audytoryjnych.15
A-A-2Przygotowanie projektu.10
A-A-3Samodzielne korzystanie z oprogramowania dostępnego on-line.15
A-A-4Przygotowanie do zaliczenia materiału zajęć audytoryjnych.5
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielna eksploracja baz danych sekwencji nukleotydowych.5
A-W-3Samodzielna analiza wyników sekwencjonowania DNA.5
A-W-4Czytanie wskazanej literatury.5
A-W-5Przygotowanie do zaliczenia treści wykładów.15
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-O5.3_W01Definiuje typy sekwencji nukleotydowych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W06ma szczegółową i uporządkowaną wiedzę z zakresu wykorzystania procesów molekularnych, enzymatycznych i fizjologicznych organizmów żywych w biotechnologii
BT_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W01ma rozszerzoną wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W03ma pogłębioną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W04ma pogłębioną wiedzę o funkcjonowaniu organizmów żywych na różnych poziomach złożoności, przyrody nieożywionej oraz o technicznych zadaniach inżynierskich dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W06ma rozszerzoną wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz o jego zagrożeniach
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.
Treści programoweT-W-1Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.
T-W-5Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.
T-W-6Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.
T-A-9Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-2Wykład konwersatoryjny.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-4Pokaz.
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści wykładów.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-O5.3_W02Opisuje strukturę rekordów GenBank. Dobiera oprogramowanie wykorzystywane w analizach sekwencji nukleotydowych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W03ma pogłębioną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W06ma rozszerzoną wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz o jego zagrożeniach
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.
Treści programoweT-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.
T-W-7Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.
T-W-3Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)
T-W-4Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.
T-A-1Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.
T-A-2Analiza struktury rekordów GenBank.
T-A-3Projektowanie starteów oligonukleotydowych.
T-A-4Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico
T-A-5Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)
T-A-6Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.
T-A-7Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego.
T-A-8SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-2Wykład konwersatoryjny.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-4Pokaz.
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści ćwiczeń audytoryjnych.
S-3Ocena podsumowująca: Ocena przygotowanego przez studenta projektu.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-O5.3_U01Potrafi przeprowadzić wybrane analizy sekwencji nukleotydowych in silico.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U05Potrafi zaprojektować oraz zrealizować proces eksperymentalny; zna i stosuje metody oraz systemy diagnostyki laboratoryjnej i molekularnej; posiada umiejętność prowadzenia prac badawczych z użyciem materiału biologicznego; potrafi przeprowadzać badania z użyciem mikroskopów; stosuje w analizie i diagnostyce narzędzia bioinformatyczne. Zna systemy i procesy wykorzystywane w ocenie stanu środowiska.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U03rozumie i stosuje odpowiednie technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U05samodzielnie i wszechstronnie analizuje problemy wpływające na produkcję i jakość żywności, zdrowie zwierząt i ludzi, stan środowiska naturalnego i zasobów naturalnych oraz wykazuje znajomość zastosowania specjalistycznych technik i ich optymalizacji dostosowanych do studiowanego kierunku studiów i profilu kształcenia
R2A_U06posiada umiejętność doboru i modyfikacji typowych działań (w tym technik i technologii) dostosowanych do zasobów przyrody w celu poprawy jakości życia człowieka, zgodnych ze studiowanym kierunkiem studiów
R2A_U07ocenia wady i zalety podjętych działań, w tym ich oryginalność w rozwiązywaniu zaistniałych problemów zawodowych - dla nabrania doświadczenia i doskonalenia kompetencji inżynierskich
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
InzA2_U05potrafi dokonać krytycznej analizy sposobu funkcjonowania i ocenić - zwłaszcza w powiązaniu ze studiowanym kierunkiem studiów - istniejące rozwiązania techniczne, w szczególności urządzenia, obiekty, systemy, procesy, usługi
InzA2_U08potrafi - zgodnie z zadaną specyfikacją - zaprojektować proste urządzenie, obiekt, system lub proces, typowe dla studiowanego kierunku studiów, używając właściwych metod, technik i narzędzi
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.
Treści programoweT-W-1Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.
T-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.
T-W-7Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.
T-W-3Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)
T-W-5Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.
T-W-4Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.
T-W-6Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.
T-A-1Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.
T-A-2Analiza struktury rekordów GenBank.
T-A-3Projektowanie starteów oligonukleotydowych.
T-A-4Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico
T-A-5Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)
T-A-6Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.
T-A-7Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego.
T-A-8SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).
T-A-9Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-2Wykład konwersatoryjny.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-4Pokaz.
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści wykładów.
S-2Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści ćwiczeń audytoryjnych.
S-3Ocena podsumowująca: Ocena przygotowanego przez studenta projektu.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-O5.3_K01Ma świadomość istnienia oprogramowania komputerowego wykorzystywanego w analizie sekwencji nukleotydowych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K07rozumie celowość pobudzania indywidualnej aktywności poznawczej oraz podnoszenia kompetencji zawodowych; wykazuje samodzielność w zdobywaniu informacji naukowych z różnych źródeł
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
R2A_K07ma świadomość potrzeby ukierunkowanego dokształcania i samodoskonalenia w zakresie wykonywanego zawodu
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.
Treści programoweT-W-1Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.
T-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.
T-W-7Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.
T-W-3Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)
T-W-5Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.
T-W-4Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.
T-W-6Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.
T-A-1Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.
T-A-2Analiza struktury rekordów GenBank.
T-A-3Projektowanie starteów oligonukleotydowych.
T-A-4Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico
T-A-5Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)
T-A-6Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.
T-A-7Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego.
T-A-8SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).
T-A-9Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-2Wykład konwersatoryjny.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-4Pokaz.
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści wykładów.
S-2Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści ćwiczeń audytoryjnych.
S-3Ocena podsumowująca: Ocena przygotowanego przez studenta projektu.