Pole | KOD | Znaczenie kodu |
---|
Zamierzone efekty kształcenia | BL_1A_C24_K01 | Student wykazuje zorientowanie w możliwości wykorzystania badań proteomicznych, w poszukiwaniu białek charakterystycznych dla danego stanu fizjologicznego lub patologicznego, mogących służyć jako markery odzwierciedlające stan organizmu. Potrafi aktywnie i sprawnie pracować w grupie i jest otwarty na supozycje innych członków zespołu. Jest otwarty na poszukiwanie wiedzy i rozwijanie własnej osobowości. |
---|
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | BL_1A_K05 | ma otwartą i poszukującą postawę ogólnego i kierunkowego kształtowania i rozwijania własnej aktywności poznawczej w oparciu o różne naukowe źródła informacji |
---|
BL_1A_K02 | rozumie podstawowe zasady etyki i postępuje zgodnie z nimi w swojej działalności |
BL_1A_K01 | wykazuje zrozumienie podstawowych procesów i zjawisk biologicznych oraz przekonanie o ich empirycznej poznawalności w oparciu o metody matematyczne i statystyczne |
Cel przedmiotu | C-1 | Głównym celem prowadzonych zajeć jest przekazanie studentom wiedzy z zakresu proteomiki i jej zastosowania w badaniu czynności organizmów. |
---|
C-2 | Przekazanie wiedzy na temat podstawowych technik analitycznych wykorzystywanych w badaniach proteomicznych (elektroforeza 1-, 2-D, western-blot, spektrometria mas) oraz detekcji, archiwizacji i analizy bioinformatycznej obrazów żeli. |
C-3 | Przekazanie wiedzy praktycznej z zakresu podstawowych technik analitycznych z zakresu badań proteomicznych (elektroforeza 1-D, 2-D, western blot, spektrometria mas). |
Treści programowe | T-L-1 | Cel analizy proteomu i identyfikacji białek, przygotowanie materiału biologicznego, liza komórek, bufory lizujące (czynniki chaotropowe, detergenty, czynniki redukujące, amfolity), metody oczyszczania złożonych preparatów biologicznych, metody precypitacji białek.
1. Usuwanie białek wysokokopijnych z osocza krwi z wykorzystaniem IgG and albumin removal kit. |
---|
T-L-2 | Podstawowe składniki żeli poliakrylamidowych, żele gradientowe, elektroforeza w warunkach denaturujących SDS-PAGE, technika przygotowania i wykorzystania żeli zminiaturyzowanych, czynniki wpływające na rozdział białek
1. Przygotowanie zminiaturyzowanych żeli z wykorzystaniem zestawu: MINI- PROTEAN TETRA CELL.
2. Rozdział białek z użyciem 1-DE. |
T-L-3 | Określenie białka całkowitego w analizowanych próbach biologicznych. Znaczenie procesu rehydratacji, zasady ogniskowania izoelektrycznego.
1. Przygotowanie ogniskowania izoelektrycznego z wykorzystaniem zestawu: PROTEAN IEF (paski IPG - 7cm). |
T-L-4 | Główne składniki buforu rehydratacyjnego i ich funkcja, znaczenie równoważenia pasków, skład i rola buforu migracyjnego, drugi wymiar elektroforezy 2-DE – rozdział białek w warunkach denaturujących.
1. Przygotwanie zogniskowanych pasków IPG do rozdziału w drugim kierunku. |
T-L-5 | Detekcja białek. Archiwizacja obrazów żeli 1- oraz 2-D.
1. Barwienie żeli po rozdziale elektroforetycznym z użyciem błękitu coomassie.
2. Cyfrowy zapis żeli barwionych z użyciem różnych technik detekcji białek. |
T-L-6 | Zasady desorpcji/jonizacji laserowej wspomaganej matrycą (MALDI) z detekcją czasu przelotu (TOF), enzymy proteolityczne stosowane w przygotowywaniu próbek do identyfikacji przy użyciu spektrometru mas, rola matrycy stosowanej w technikach MALDI, techniki nakładania prób na płytki do MS. Bioinformatyczne bazy danych, zasada identyfikacji białek przy uzyciu "odcisku palca" mapy peptydowej.
1. Wycinanie z żelu poliakryloamidowego spotów białkowych manualnie oraz z wykorzystaniem Spot Cutter EXQuest.
2. Przygotowanie spotów białkowych do analizy spektrometrii masowej.
3. Jonizacja i odczyt widm masowych z wykorzystaniem programu flexControl.
4. Analiza uzyskanych widm masowych przy uzyciu flexAnalysis.
5. Porównywanie uzyskanych widm z obrazami dostepnymi w bazach danych przy uzyciu bioTools. |
T-L-7 | Identyfikacja białek przy uzyciu techniki Western-Blot: Transfer białek z żelu na błonę, rodzaje błon do transferu, transfer "mokry" i "półsuchy", czynniki wpływające na wydajność transferu, immunoblotting.
1. Przygotowanie buforu do transferu.
2. Dokonanie transferu połsuchego białek na błonę nitrocelulozową przy uzyciu zestawu: TRANS-BLOT SEMI DRY. |
T-W-7 | Główne gałęzie proteomiki: strukturalna, ilościowa, funkcjonalna oraz kliniczna: Proteomika w diagnozowaniu i prognozowaniu procesów biologicznych - innowacyjne narzędzia poznawania czynności organizmu w stanie zdrowia i procesu chorobowego. Znaczenie identyfikacji i charakterystyki białek oraz różnic w profilach białkowych w zalezności od wieku, stanu fizjologicznego, działania leków i in. Mozliwość zastosowania proteomiki do rozwiazywania problemów praktycznych w obszarach: biologii, biotechnologii, rolnictwa, medycyny, ochrony zdrowia i kryminalistyki. |
T-W-2 | Metody rozdziału białek – techniki żelowe: Matryce rozdzielające wykorzystywane w elektroforezie. Elektroforeza jednowymiarowa w żelu poliakrylamidowym (SDS-PAGE). Elektroforeza natywna. Elektroforeza dwuwymiarowa w żelu poliakrylamidowym. |
T-W-1 | Proteomika jako wyzwanie współczesnej nauki: Definicja proteomu. Czym jest proteomika i jakie stawia sobie cele badawcze we współczesnej nauce. Aminokwasy występujące w białkach. Biologiczne znaczenie potranslacyjnych modyfikacji białek. Stabilizacja struktury białkowej. Termodynamiczne prawa wpływające na przyjmowanie określonych konformacji białek. Efekt hydrofobowy, tworzenie mostków wodorowych oraz entropia konfiguracyjna jako główne siły stabilizujące strukturę białkową. |
T-W-4 | Zastosowanie spektrometrii mas w identyfikacji białek. Wprowadzenie (rys historyczny, podstawowe pojęcia, rodzaje spektrometrów mas i ich możliwości analityczne). Metody jonizacji (krótka charakterystyka, szczegółowe omówienie jonizacji/desorpcji laserowej wspomaganej matrycą – MALDI). Analizatory (rodzaje, szczegółowa charakterystyka analizatora czasu przelotu – TOF). |
T-W-6 | Metody rozdziału białek - techniki chromatograficzne: Ogólny schemat analiz proteomicznych. Chromatografia cieczowa. Strategie proteomiki oparte na technice chromatografii cieczowej: metody LC-MS i LC-MS/MS. |
T-W-3 | Metody detekcji białek: błękit Coomassie, sole srebra, sole cynku i miedzi, autoradiografia, fluorografia, barwniki fluoroscencyjne. Analizy oparte na dwuwymiarowej fluorescencyjnej elektroforezie różnicowej 2D-DIGE. Metody zapisu obrazów żeli po detekcji. Rodzaje programów do analizy obrazów żeli 2-DE oraz ogólna zasada ich zastosowania. |
T-W-5 | Zastosowanie i identyfikacja białek z użyciem techniki Westrn-Blot: Przygotowanie próby. Metody transferu. Inkubacja z przeciwciałami. Wizualizacja. |
Metody nauczania | M-1 | Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne. |
---|
M-2 | Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego. |
M-3 | Praca w grupach. |
M-4 | Sprawozdanie z wykonanych ćwiczeń laboratoryjnych. |
M-5 | Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych. |
M-6 | Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych. |
Sposób oceny | S-2 | Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów. |
---|
S-1 | Ocena podsumowująca: Ocena sprawozdań z wykonanych ćwiczeń laboratoryjnych. |
Kryteria oceny | Ocena | Kryterium oceny |
---|
2,0 | |
3,0 | Student wykazuje w stopniu podstawowym zorientowanie w możliwości wykorzystania badań proteomicznych w szeroko rozumianej fizjjologii i aptofizjologii. Wykazuje aktywną postawę podczas pracy w grupie. |
3,5 | |
4,0 | |
4,5 | |
5,0 | |