Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Biotechnologia w produkcji roślinnej
Sylabus przedmiotu Genomika i transkryptomika:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Genomika i transkryptomika | ||
| Specjalność | Biotechnologia w produkcji zwierzęcej i ochronie środowiska | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Genetyki | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Arkadiusz Terman <Arkadiusz.Terman@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>, Magdalena Jędrzejczak-Silicka <mjedrzejczak@zut.edu.pl>, Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>, Iwona Szatkowska <Iwona.Szatkowska@zut.edu.pl> | ||
| ECTS (planowane) | 4,0 | ECTS (formy) | 4,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Wiedza z zakresu genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu |
| C-2 | Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji |
| C-3 | Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze. | 2 |
| T-A-2 | Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów. | 2 |
| T-A-3 | Markery oparte na retrotranspozonach | 1 |
| T-A-4 | Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów. | 1 |
| T-A-5 | Projekty analiz genomowych | 1 |
| T-A-6 | Analiza transkryptomów z wykorzystaniem technik mikromacierzowych. | 4 |
| T-A-7 | Analiza transkryptomów z wykorzystaniem techniki RNA-seq. | 4 |
| 15 | ||
| laboratoria | ||
| T-L-1 | Izolacja DNA plazmidowego | 3 |
| T-L-2 | Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna. | 3 |
| T-L-3 | Izolacja i analiza mtDNA | 3 |
| T-L-4 | Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów. | 3 |
| T-L-5 | Metod analizy transkryptów RNA. | 3 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami | 1 |
| T-W-2 | Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów. | 2 |
| T-W-3 | Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie. | 2 |
| T-W-4 | Molekularne podstawy ewolucji genomów. | 2 |
| T-W-5 | Mapowanie fizyczne i genetyczne. | 2 |
| T-W-6 | Klasy RNA - właściwości, funkcje | 2 |
| T-W-7 | Potranskrypcyjne modyfikacje RNA | 2 |
| T-W-8 | Mikromacierze ekspresyjne. Analiza porównawcza transkryptomów. | 2 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Uczestnictwo w zajęciach | 15 |
| A-A-2 | Konsultacje | 5 |
| A-A-3 | Przygotowanie do zaliczenia | 8 |
| A-A-4 | Zaliczenie treści programowych | 2 |
| 30 | ||
| laboratoria | ||
| A-L-1 | uczestnictwo w zajęciach | 15 |
| A-L-2 | Studiowanie podanej lteratury | 5 |
| A-L-3 | Konsultacje | 4 |
| A-L-4 | Przygotowanie do zaliczenia | 4 |
| A-L-5 | Zaliczenie materiału | 2 |
| 30 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Uczestnictwo w zajęciach | 15 |
| A-W-2 | Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów | 15 |
| A-W-3 | Konsultacje z prowadzącym | 15 |
| A-W-4 | Zaliczenie pisemne treści wykładowych | 2 |
| A-W-5 | Studiowanie literatury | 13 |
| 60 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami |
| M-2 | Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora |
| M-3 | Praca w grupach laboratoryjnych |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-C5_W01 W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt. | BTinz_2A_W07, BTinz_2A_W08 | — | — | C-1, C-3, C-2 | T-A-1, T-A-2, T-A-5, T-A-3, T-A-4, T-L-3, T-L-4, T-L-2, T-L-5, T-L-1, T-W-6, T-W-1, T-W-2, T-W-8, T-W-3, T-W-4, T-W-7, T-W-5 | M-1, M-2, M-3 | S-1, S-2 |
| BT_2A_BTZ-S-C5_W02 Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | BTinz_2A_W07 | — | — | C-1, C-3, C-2 | T-A-1, T-A-2, T-A-5, T-A-3, T-A-4, T-L-3, T-L-4, T-L-2, T-L-5, T-L-1, T-W-6, T-W-1, T-W-2, T-W-8, T-W-3, T-W-4, T-W-7, T-W-5 | M-1, M-2, M-3 | S-1, S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-C5_U01 Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji. | BTinz_2A_U06 | — | — | C-1, C-2 | T-W-2, T-W-3, T-W-4 | M-1, M-2, M-3 | S-1 |
| BT_2A_BTZ-S-C5_U02 Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | BTinz_2A_U06, BTinz_2A_U08 | — | — | C-1, C-3, C-2 | T-A-1, T-A-2, T-A-5, T-A-3, T-A-4, T-L-3, T-L-4, T-L-2, T-L-5, T-L-1, T-W-6, T-W-8, T-W-7, T-W-5 | M-2, M-3 | S-1 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-C5_K01 Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście. | BTinz_2A_K05 | — | — | C-1, C-3, C-2 | T-A-1, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4 | M-3 | S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-C5_W01 W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt. | 2,0 | Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych |
| 3,0 | W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt. | |
| 3,5 | Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków | |
| 4,0 | Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi | |
| 4,5 | Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków. | |
| 5,0 | Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych | |
| BT_2A_BTZ-S-C5_W02 Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | 2,0 | Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów |
| 3,0 | Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | |
| 3,5 | Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu | |
| 4,0 | Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu | |
| 4,5 | Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych | |
| 5,0 | Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-C5_U01 Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji. | 2,0 | |
| 3,0 | Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BT_2A_BTZ-S-C5_U02 Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | 2,0 | |
| 3,0 | Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-C5_K01 Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście. | 2,0 | |
| 3,0 | Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2009
- Słomski R., Analiza DNA Teoria i praktyka, Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań, 2011
Literatura dodatkowa
- Charon K.M., Świtoński M., Genetyka i genomika zwierząt, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012