Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Biotechnologia w produkcji roślinnej
Sylabus przedmiotu In silico analysis of nucleotide sequence:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | In silico analysis of nucleotide sequence | ||
| Specjalność | Biotechnologia w produkcji zwierzęcej i ochronie środowiska | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Genetyki | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | angielski |
| Blok obieralny | 5 | Grupa obieralna | 3 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | The basic knowledge of computer science, genetics and molecular biology. |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes. |
| C-2 | The use of different bioinformatics programs for analysis of nucleotide sequences. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Gene prediction programs in eukaryota. | 4 |
| T-A-2 | Bacterial Promoters and Operons. | 2 |
| T-A-3 | Promoters/functional motifs. | 2 |
| T-A-4 | RNA structures analyses. | 2 |
| T-A-5 | Gene Finding in Viral Genomes | 2 |
| T-A-6 | Alignments sequences and genomes | 3 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters. | 4 |
| T-W-2 | Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding. | 2 |
| T-W-3 | RNA classes. | 2 |
| T-W-4 | Viral Genomes. | 2 |
| T-W-5 | Sequence alignments. | 3 |
| T-W-6 | RNA-Seq in transcriptomics. | 2 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Taking classes. | 15 |
| A-A-2 | Preparation for classes. | 15 |
| A-A-3 | Creating of genetic test (in silico) | 10 |
| A-A-4 | Preparation for the test. | 5 |
| 45 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Participation in lectures. | 15 |
| A-W-2 | Study of scientific references. | 15 |
| A-W-3 | Preparation for the test. | 15 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt). |
| M-2 | Practical classes using PC (online tools). |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: Examination. |
| S-2 | Ocena formująca: Practical test including classes. |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTinz_2A_BTA-A-O6.2_W01 A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses. | BTinz_2A_W07 | — | — | C-1 | T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6 | M-1, M-2 | S-1, S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTinz_2A_BTA-A-O6.2_U01 A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses. | BTinz_2A_U06 | — | — | C-1 | T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6 | M-2 | S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTinz_2A_BTA-A-O6.2_K01 A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analysis of the sequences. | BTinz_2A_K02 | — | — | C-1 | T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6 | M-1, M-2 | S-2 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTinz_2A_BTA-A-O6.2_W01 A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses. | 2,0 | |
| 3,0 | W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien jest w stanie ogólnie definiować typy sekwencji nukleotydowych oraz dobierać narzędzia bioinformatyczne do analizy | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTinz_2A_BTA-A-O6.2_U01 A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses. | 2,0 | |
| 3,0 | W wyniku przeprowadzonych zajęć student umie opisać (ogólnie) typy sekwencji nukleotydowych oraz potrafi wskazać wybrane programy bioinformatyczne do wykonania analizy in silico | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTinz_2A_BTA-A-O6.2_K01 A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analysis of the sequences. | 2,0 | |
| 3,0 | W wyniku przeprowadzonych zajęć student wykazuje postawę aktywną i jest chętny do zastosowania narzędzi bioinformatycznych do świadomej analizy sekwencji nukleotydowych ze wskazaniem ich cech w oparciu o zdobytą wiedzę teoretyczną | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Terence A Brown., Genomes, 2nd edition, Oxford: Wiley-Liss; 2002., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21128/, 2002, ISBN-10: 0-471-25046-5, Wolny dostęp internetowy
- http://www.softberry.com, 2018, http://www.softberry.com
- Koonin EV, Galperin MY., Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics., Boston: Kluwer Academic; 2003., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20260/, 2003