Wydział Technologii i Inżynierii Chemicznej - Inżynieria chemiczna i procesowa (S2)
specjalność: Procesy i urządzenia w ochronie środowiska
Sylabus przedmiotu Elementy bioinformatyki:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Inżynieria chemiczna i procesowa | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Elementy bioinformatyki | ||
| Specjalność | Informatyka procesowa | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Inżynierii Chemicznej i Procesowej | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Magdalena Cudak <Magdalena.Cudak@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 2,0 | ECTS (formy) | 2,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Znajomość podstaw informatyki |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Zapoznanie studentów z bazami sekwencji nykleotydowych i białkowych znajdujących się w biologicznych bazach danych |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Model danych NCBI | 1 |
| T-A-2 | Podział baz danych (Genbank, EMBL, DDBJ) | 2 |
| T-A-3 | Analiza baz danych struktur biomolekularnych - PDB, MMDB | 2 |
| T-A-4 | Intrpretacja pliku GenBank | 2 |
| T-A-5 | Bazy sekwencji poza NCBI | 1 |
| T-A-6 | Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych - programy FASTA i BLAST | 2 |
| T-A-7 | Pobieranie informacji - sytem Entrez | 1 |
| T-A-8 | Program EXPASY | 1 |
| T-A-9 | Podstawowe zasady modeli filogenetycznych - interpretacja drzewa | 1 |
| T-A-10 | Kolokwium | 2 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Bioinformatyka - podział i podstawowe definicje | 1 |
| T-W-2 | Pobieranie informacji z biologicznych baz danych | 2 |
| T-W-3 | Projektowanie, zarządzanie i integracja baz danych | 1 |
| T-W-4 | Projektowanie powiązań między bazami danych | 1 |
| T-W-5 | Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych | 1 |
| T-W-6 | Bazy danych struktur biomolekularnych | 1 |
| T-W-7 | Narzędzia do porównywania i nakładania na siebie sekwencji i stuktur | 2 |
| T-W-8 | Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną | 2 |
| T-W-9 | Analiza filogenetyczna | 1 |
| T-W-10 | Wizualizacja informacji strukturalnych | 1 |
| T-W-11 | Tworzenie sieci metabolicznych | 1 |
| T-W-12 | Kolokwium | 1 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | uczestnictwo w zajęciach | 15 |
| A-A-2 | przygotowanie do kolokwium | 8 |
| A-A-3 | czytanie wskazanej literatury | 7 |
| 30 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | uczestnictwo w zajęciach | 15 |
| A-W-2 | przygotowanie do kolokwium | 7 |
| A-W-3 | czytanie wskazanej literatury | 8 |
| 30 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | wykład informacyjny |
| M-2 | ćwiczenia przedmiotowe z użyciem komputera |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: wykład: kolokwium, forma pisemna, czas 45 minut |
| S-2 | Ocena podsumowująca: ćwiczenia: dwa kolokwia, forma pisemna, czas 45 minut każde |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ICHP_2A_C01-10_W09 Student potrafi podać i omówić dostępne w internecie aplikacje bioinformatyczne Student potrafi wskazać odpowiednie narzędzie informatyczne do rozwiązania konkretnego zadania | ICHP_2A_W09 | — | — | C-1 | T-W-6, T-W-10, T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-11, T-W-9, T-W-2, T-W-7, T-W-8 | M-1 | S-1 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ICHP_2A_C01-10_U01 Student potrafi wyszukiwać w bazach danych biologicznych niezbędną literaturę Student potrafi wyszukiwać i analizować sekwencje nukleotydowe i białkowe | ICHP_2A_U01 | — | — | C-1 | T-A-9, T-A-4, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-A-8, T-W-5 | M-2 | S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ICHP_2A_C01-10_K01 Student rozumie potrzebę dokształcania się | ICHP_2A_K01 | — | — | C-1 | T-A-9, T-A-4, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-A-8, T-W-6, T-W-10, T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-11, T-W-9, T-W-2, T-W-7, T-W-8 | M-1, M-2 | S-1, S-2 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| ICHP_2A_C01-10_W09 Student potrafi podać i omówić dostępne w internecie aplikacje bioinformatyczne Student potrafi wskazać odpowiednie narzędzie informatyczne do rozwiązania konkretnego zadania | 2,0 | Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu. |
| 3,0 | Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i podstawowe definicje dotyczące bioinformatyki | |
| 3,5 | Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych | |
| 4,0 | Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki, zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych | |
| 4,5 | Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych | |
| 5,0 | Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych, zna zasady tworzenia modeli filogenetycznych |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| ICHP_2A_C01-10_U01 Student potrafi wyszukiwać w bazach danych biologicznych niezbędną literaturę Student potrafi wyszukiwać i analizować sekwencje nukleotydowe i białkowe | 2,0 | Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu. |
| 3,0 | Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę. | |
| 3,5 | Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku. | |
| 4,0 | Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe | |
| 4,5 | Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne. | |
| 5,0 | Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne; potrafi interpretować drzewa filogenetyczne |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| ICHP_2A_C01-10_K01 Student rozumie potrzebę dokształcania się | 2,0 | Student nie rozumie potrzeby poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych |
| 3,0 | Student rozumie w stopniu podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych | |
| 3,5 | Student rozumie w stopniu więcej niż podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych | |
| 4,0 | Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych | |
| 4,5 | Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie | |
| 5,0 | Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje dużą aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie |
Literatura podstawowa
- A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette, Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek, PWN, Warszawa, 2004
- P.G. Higgs, T.K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008
Literatura dodatkowa
- J. Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2009