Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnology (S2)

Sylabus przedmiotu In silico analysis of nucleotide sequence:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnology
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot In silico analysis of nucleotide sequence
Specjalność Biotechnology in animal production and environmental protection
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki
Nauczyciel odpowiedzialny Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język angielski
Blok obieralny 6 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA2 15 1,50,41zaliczenie
wykładyW2 15 1,50,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1The basic knowledge of computer science, genetics and molecular biology.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes.
C-2The use of different bioinformatics programs for analysis of nucleotide sequences.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.4
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.2
T-A-3Promoters/functional motifs.2
T-A-4RNA structures analyses.2
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes2
T-A-6Alignments sequences and genomes3
15
wykłady
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.4
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.2
T-W-3RNA classes.2
T-W-4Viral Genomes.2
T-W-5Sequence alignments.3
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Taking classes.15
A-A-2Preparation for classes.5
A-A-3Creating of genetic test (in silico)10
A-A-4Preparation for the test.5
A-A-5Consultation with the teacher10
45
wykłady
A-W-1Participation in lectures.15
A-W-2Study of scientific references.5
A-W-3Preparation for the test.15
A-W-4Consultation with the teacher10
45

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt).
M-2Practical classes using PC (online tools).

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Examination.
S-2Ocena formująca: Practical test including classes.

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_W01
A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses.		BTap_2A_W05——C-1T-A-5, T-A-3, T-A-2, T-A-4, T-A-1, T-A-6, T-W-4, T-W-3, T-W-6, T-W-5, T-W-1, T-W-2M-1, M-2S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_U01
A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses.		BTap_2A_U06——C-1T-A-5, T-A-3, T-A-2, T-A-4, T-A-1, T-A-6M-2S-2

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_K01
A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analyses of genomic variablity.		BTap_2A_K02——C-1T-A-5, T-A-3, T-A-2, T-A-4, T-A-1, T-A-6, T-W-4, T-W-3, T-W-6, T-W-5, T-W-1, T-W-2M-1, M-2S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_W01
A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses.		2,0
3,0A student defines the types of nucleotide sequences in genomes and knows proper bioinformatic tools for analyses.
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_U01
A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses.		2,0
3,0A student uses a proper bioinformatic tools for nucleotide sequences analyses
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_K01
A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analyses of genomic variablity.		2,0
3,0A student is able to work with online tools for analyses of genomic variablility.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Terence A Brown., Genomes, 2nd edition, Oxford: Wiley-Liss; 2002., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21128/, 2002, ISBN-10: 0-471-25046-5, Wolny dostęp internetowy
  2. http://www.softberry.com, 2018, http://www.softberry.com
  3. Koonin EV, Galperin MY., Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics., Boston: Kluwer Academic; 2003., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20260/, 2003

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.4
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.2
T-A-3Promoters/functional motifs.2
T-A-4RNA structures analyses.2
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes2
T-A-6Alignments sequences and genomes3
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.4
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.2
T-W-3RNA classes.2
T-W-4Viral Genomes.2
T-W-5Sequence alignments.3
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.2
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Taking classes.15
A-A-2Preparation for classes.5
A-A-3Creating of genetic test (in silico)10
A-A-4Preparation for the test.5
A-A-5Consultation with the teacher10
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Participation in lectures.15
A-W-2Study of scientific references.5
A-W-3Preparation for the test.15
A-W-4Consultation with the teacher10
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-A-O6.2_W01A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_W05has an extended knowledge about the structure, function and computer analysis of genes and genomes, as well as the influence of genetic factors on the formation of the environment
Cel przedmiotuC-1Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes.
Treści programoweT-A-5Gene Finding in Viral Genomes
T-A-3Promoters/functional motifs.
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.
T-A-4RNA structures analyses.
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.
T-A-6Alignments sequences and genomes
T-W-4Viral Genomes.
T-W-3RNA classes.
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.
T-W-5Sequence alignments.
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.
Metody nauczaniaM-1Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt).
M-2Practical classes using PC (online tools).
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Examination.
S-2Ocena formująca: Practical test including classes.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0A student defines the types of nucleotide sequences in genomes and knows proper bioinformatic tools for analyses.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-A-O6.2_U01A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_U06makes a comprehensive analysis of the molecular basis of evolution, as well as factors affecting the functioning of the genome and the transcriptome; analyzes the factors affecting the variability of the body
Cel przedmiotuC-1Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes.
Treści programoweT-A-5Gene Finding in Viral Genomes
T-A-3Promoters/functional motifs.
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.
T-A-4RNA structures analyses.
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.
T-A-6Alignments sequences and genomes
Metody nauczaniaM-2Practical classes using PC (online tools).
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Practical test including classes.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0A student uses a proper bioinformatic tools for nucleotide sequences analyses
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-A-O6.2_K01A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analyses of genomic variablity.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_K02demonstrates understanding of biotechnological processes used in various areas of human activity; interprets and describes these processes using a scientific approach
Cel przedmiotuC-1Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes.
Treści programoweT-A-5Gene Finding in Viral Genomes
T-A-3Promoters/functional motifs.
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.
T-A-4RNA structures analyses.
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.
T-A-6Alignments sequences and genomes
T-W-4Viral Genomes.
T-W-3RNA classes.
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.
T-W-5Sequence alignments.
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.
Metody nauczaniaM-1Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt).
M-2Practical classes using PC (online tools).
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Practical test including classes.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0A student is able to work with online tools for analyses of genomic variablility.
3,5
4,0
4,5
5,0