Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnology (S2)

Sylabus przedmiotu Biological Databases:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnology
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Biological Databases
Specjalność Biotechnology in Animal Production and Environmental Protection
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki
Nauczyciel odpowiedzialny Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język angielski
Blok obieralny 7 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL3 15 1,00,41zaliczenie
wykładyW3 15 1,00,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1The basic knowledge of computer science, genetics and molecular biology.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Learning of students with different types of biological databases.
C-2The use of different biological databases for information collecting.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1DDBJ, European Nucleotide Archive, GenBank.3
T-L-2PubMed, PMC databases. .3
T-L-3REBASE - restriction enzymes and related proteins database.2
T-L-4miRNA sequence databases (miRBase, miRPathDB 2.0)2
T-L-5PDBe - biological macromolecular structures.2
T-L-6UniProt and other protein databases3
15
wykłady
T-W-1Biological databeses - history, current status2
T-W-2Nucleotide sequence databases.3
T-W-3Protein sequence databases.3
T-W-4Literature databases.2
T-W-5Human and animals genes and genetic disorders.2
T-W-6The National Center for Biotechnology Information. EMBL.3
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Taking classes.15
A-L-2Preparation for classes.3
A-L-3Preparation for the test.5
A-L-4Consultation with the teacher2
25
wykłady
A-W-1Participation in lectures.15
A-W-2Preparation for the test.8
A-W-3Consultation with the teacher2
25

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt).
M-2Practical classes using PC (online tools).

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Examination.
S-2Ocena formująca: Practical test including classes.

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_W01
A student describes selected biological databases.
BTap_2A_W05C-1T-L-5, T-L-3, T-L-2, T-L-4, T-L-1, T-L-6, T-W-4, T-W-3, T-W-6, T-W-5, T-W-1, T-W-2M-1, M-2S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_U01
A student can use different biological databases for collection of information in different area of biotechnology.
BTap_2A_U08C-1T-L-5, T-L-3, T-L-2, T-L-4, T-L-1, T-L-6M-2S-2

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_K01
A student is able to work with different biological databases.
BTap_2A_K01C-1T-L-5, T-L-3, T-L-2, T-L-4, T-L-1, T-L-6, T-W-4, T-W-3, T-W-6, T-W-5, T-W-1, T-W-2M-1, M-2S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_W01
A student describes selected biological databases.
2,0
3,0A student defines the different biological databases for data collecting
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_U01
A student can use different biological databases for collection of information in different area of biotechnology.
2,0
3,0A student uses a different databases for collecting the proper information
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_K01
A student is able to work with different biological databases.
2,0
3,0A student is able to work with different, online biological databases
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. http://www.softberry.com, 2018, http://www.softberry.com
  2. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2013-., The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK169443/

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1DDBJ, European Nucleotide Archive, GenBank.3
T-L-2PubMed, PMC databases. .3
T-L-3REBASE - restriction enzymes and related proteins database.2
T-L-4miRNA sequence databases (miRBase, miRPathDB 2.0)2
T-L-5PDBe - biological macromolecular structures.2
T-L-6UniProt and other protein databases3
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Biological databeses - history, current status2
T-W-2Nucleotide sequence databases.3
T-W-3Protein sequence databases.3
T-W-4Literature databases.2
T-W-5Human and animals genes and genetic disorders.2
T-W-6The National Center for Biotechnology Information. EMBL.3
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Taking classes.15
A-L-2Preparation for classes.3
A-L-3Preparation for the test.5
A-L-4Consultation with the teacher2
25
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Participation in lectures.15
A-W-2Preparation for the test.8
A-W-3Consultation with the teacher2
25
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-A-O6.2_W01A student describes selected biological databases.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_W05has an extended knowledge about the structure, function and computer analysis of genes and genomes, as well as the influence of genetic factors on the formation of the environment
Cel przedmiotuC-1Learning of students with different types of biological databases.
Treści programoweT-L-5PDBe - biological macromolecular structures.
T-L-3REBASE - restriction enzymes and related proteins database.
T-L-2PubMed, PMC databases. .
T-L-4miRNA sequence databases (miRBase, miRPathDB 2.0)
T-L-1DDBJ, European Nucleotide Archive, GenBank.
T-L-6UniProt and other protein databases
T-W-4Literature databases.
T-W-3Protein sequence databases.
T-W-6The National Center for Biotechnology Information. EMBL.
T-W-5Human and animals genes and genetic disorders.
T-W-1Biological databeses - history, current status
T-W-2Nucleotide sequence databases.
Metody nauczaniaM-1Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt).
M-2Practical classes using PC (online tools).
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Examination.
S-2Ocena formująca: Practical test including classes.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0A student defines the different biological databases for data collecting
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-A-O6.2_U01A student can use different biological databases for collection of information in different area of biotechnology.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_U08selects and applies advanced techniques and research tools used in biotechnology
Cel przedmiotuC-1Learning of students with different types of biological databases.
Treści programoweT-L-5PDBe - biological macromolecular structures.
T-L-3REBASE - restriction enzymes and related proteins database.
T-L-2PubMed, PMC databases. .
T-L-4miRNA sequence databases (miRBase, miRPathDB 2.0)
T-L-1DDBJ, European Nucleotide Archive, GenBank.
T-L-6UniProt and other protein databases
Metody nauczaniaM-2Practical classes using PC (online tools).
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Practical test including classes.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0A student uses a different databases for collecting the proper information
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-A-O6.2_K01A student is able to work with different biological databases.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_K01demonstrates the need to constantly improve general and directional knowledge; is aware of the purposefulness of raising the acquired knowledge both in professional activities and personal development
Cel przedmiotuC-1Learning of students with different types of biological databases.
Treści programoweT-L-5PDBe - biological macromolecular structures.
T-L-3REBASE - restriction enzymes and related proteins database.
T-L-2PubMed, PMC databases. .
T-L-4miRNA sequence databases (miRBase, miRPathDB 2.0)
T-L-1DDBJ, European Nucleotide Archive, GenBank.
T-L-6UniProt and other protein databases
T-W-4Literature databases.
T-W-3Protein sequence databases.
T-W-6The National Center for Biotechnology Information. EMBL.
T-W-5Human and animals genes and genetic disorders.
T-W-1Biological databeses - history, current status
T-W-2Nucleotide sequence databases.
Metody nauczaniaM-1Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt).
M-2Practical classes using PC (online tools).
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Practical test including classes.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0A student is able to work with different, online biological databases
3,5
4,0
4,5
5,0