Administracja Centralna Uczelni - Wymiana międzynarodowa (S1)
Sylabus przedmiotu Genomics:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Wymiana międzynarodowa | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | pierwszego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | |||
| Obszary studiów | — | ||
| Profil | |||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Genomics | ||
| Specjalność | przedmiot wspólny | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Paweł Milczarski <Pawel.Milczarski@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | Beata Myśków <Beata.Myskow@zut.edu.pl>, Magdalena Pol-Szyszko <Magdalena.Pol-Szyszko@zut.edu.pl>, Miłosz Smolik <Milosz.Smolik@zut.edu.pl>, Stefan Stojałowski <Stefan.Stojalowski@zut.edu.pl> | ||
| ECTS (planowane) | 6,0 | ECTS (formy) | 6,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | angielski |
| Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Basic of genetics, molecular biology and plant breednig |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Identification of differences in the structure of pro- and eukaryotic genomes. Knowledge on the methods of genome analyses. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| T-L-1 | Genetic mapping, construction of genetic maps, data formats and their input into a computer program. Generation of maps and analysis of results | 8 |
| T-L-2 | QTL mapping using the CIM interval method. Input data, its format and analysis. Other methods of QTL identification. Linkage disequilibrium | 8 |
| T-L-3 | Sequence data analysis. Source data and their conversion to “fasta” format. Basic techniques for analyzing sequence data | 8 |
| T-L-4 | Alignment of sequences obtained from NGS to a reference genome. Principles and programs used. | 8 |
| T-L-5 | Phylogenetic analyses, types of comparisons, example genetic similarity trees. | 8 |
| 40 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Introduction to Genomics: Definition and classification of genomes. Structural and functional genomics, and comparative. Origins and technical merits of Genomics. Biological databases, annotation system of genomes. | 4 |
| T-W-2 | The procariotic genomes system. The bacterial chromosome. Prokaryotic genomes organization, pangenomes. Escherichia coli genome. Size and number of genes in prokaryotic genomes. Horizontal gene transfer. Metagenomics and its applications. Chloroplasts and mitochondria genomes | 4 |
| T-W-3 | Eucariotic genomes. Organization of the eukaryotic genomes. Duplications in the genomes: mechanisms, types and consequence. Divergence between sequences and the molecular clock. Gene families and superfamilies. Genome rearrangement. | 4 |
| T-W-4 | Genomes, transcriptomes, and proteomes. Mapping of genomes. Sequencing of genomes - sequencing technologies. | 4 |
| T-W-5 | Genetic maps and physical maps of spouses. Methodological approaches to genome sequencing: Map-based (clone to clone) and shotgun at the genome level (whole genome shotgun, WGS). Considerations when sequencing genomes. De novo sequencing and resequencing. Natural selection and changes in haplotype frequency. Genome wide association studies (GWAS). Linkage disequilibrium. | 4 |
| 20 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| A-L-1 | presence at laboratory | 40 |
| A-L-2 | preparation of the reports | 40 |
| A-L-3 | preparing to pass laboratory pass | 20 |
| 100 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | presence of lecture | 20 |
| A-W-2 | preparing to pass lecture | 10 |
| A-W-3 | reading literature | 10 |
| A-W-4 | homeworks and exam preparation | 10 |
| 50 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Lecture |
| M-2 | Laboratory |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: Practical exercise |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Written exam |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| WM-WKSiR_1-_??_W01 The student has knowledge about the structure and changes within the genome | — | — | C-1 | T-W-1, T-W-5, T-W-3, T-W-2, T-W-4 | M-1 | S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| WM-WKSiR_1-_??_U01 The student has the skills to analyze the genome using bioinformatics tools. | — | — | C-1 | T-L-4, T-L-3, T-L-1, T-L-5, T-L-2 | M-2 | S-1 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| WM-WKSiR_1-_??_K01 The student is able to work in a group and obtain data from various sources. | — | — | C-1 | T-L-1, T-W-4, T-W-2, T-W-3, T-L-4, T-L-5, T-W-1, T-L-2, T-W-5, T-L-3 | M-2 | S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| WM-WKSiR_1-_??_W01 The student has knowledge about the structure and changes within the genome | 2,0 | |
| 3,0 | The student knows the basic principles of the structure and functioning of the genome. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| WM-WKSiR_1-_??_U01 The student has the skills to analyze the genome using bioinformatics tools. | 2,0 | |
| 3,0 | The student is able to use the basic programs used in sequence analysis. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| WM-WKSiR_1-_??_K01 The student is able to work in a group and obtain data from various sources. | 2,0 | |
| 3,0 | Student has acquired the competence to work in groups, he understands the need for training | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- T.A. Brown, Genomes, Garland Science Publishing, 2019, II