Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia (S2)

Sylabus przedmiotu Techniki w diagnostyce mikrobiologicznej z elementami walidacji metod:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Mikrobiologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Techniki w diagnostyce mikrobiologicznej z elementami walidacji metod
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Mikrobiologii Stosowanej i Fizjologii Żywienia Człowieka
Nauczyciel odpowiedzialny Elżbieta Bogusławska-Wąs <Elzbieta.Boguslawska-Was@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Alicja Dłubała <Alicja.Dlubala@zut.edu.pl>, Barbara Szymczak <Barbara.Szymczak@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 4,0 ECTS (formy) 4,0
Forma zaliczenia egzamin Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA3 15 1,00,20zaliczenie
laboratoriaL3 45 2,00,50zaliczenie
wykładyW3 15 1,00,30egzamin

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Mikrobiologia ogólna
W-2Mikrobiologia szczegółowa

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie się i praktyczne poznanie zasad diagnostyki mikrobiologicznej

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.1
T-A-2Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych2
T-A-3Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii2
T-A-4MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.2
T-A-5Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-2
T-A-6Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.2
T-A-7Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.2
T-A-8Zaliczenie na podstawie prezentacji2
15
laboratoria
T-L-1Wyznaczenie podstawowych parametrów uwzględnianych w walidacji i weryfikacji metod i testów diagnostycznych6
T-L-2Szacowanie niepewności pomiaru metod mikrobiologicznych ilościowych i jakościowych.4
T-L-3Wykorzystanie genetycznych metod w serotypowaniu bakterii6
T-L-4Wykorzystanie metody ELISA w różnicowaniu serologicznym drobnoustrojów.3
T-L-5Wykorzystanie testów API w identyfikacji i różnicowaniu mikroorganizmów3
T-L-6Ilościowa identyfikacja mikroorganizmów metoda Real-Time PCR.6
T-L-7Wykorzystanie metody PCR-DGGE do badania zmienności genotypowej bakterii.4
T-L-8Techniki elektroforetyczne.6
T-L-9Elektroforeza białek.5
T-L-10Zaliczenie zajęć2
45
wykłady
T-W-1Podstawowe pojęcia zwiążane z waliidacją.2
T-W-2Parametry walidacji, podstawowe wzory i ich zastosowanie.3
T-W-3Procedury sporządzania dokumentacji w procesach walidacji.2
T-W-4Najczęstsze problemy przy przeproowadzaniu walidacji.2
T-W-5Metody jakościowe - wyznaczanie niepewności na poziomie granicy wykrywalności (niepewność inoculum); obliczanie procentu fałszywych wyników (metody jakościowe).2
T-W-6Zapewnienie jakości wyników badań metod mikrobiologicznych jakościowych oraz ilościowych. Wewnętrzna kontrola jakości badań - analiza próbek rzeczywistych i kontaminowanych.2
T-W-7Kryteria oceny do badań ilościowych i jakościowych; tworzenie kart kontrolnych.2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2Czytanie wskazanej literatury4
A-A-3Przygotowanie do kolokwium4
A-A-4Przygotowanie prezentacji.2
25
laboratoria
A-L-1uczestnictwo w zajęciach45
A-L-2Przygotowanie merytoryczne do zajęć.5
50
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach.15
A-W-2Samodzielne studiowanie literatury.6
A-W-3Przygotowanie do egzaminu.2
A-W-4udział w egzaminie pisemnym2
25

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład konwersatoryjny
M-2Ćwiczenia laboratoryjne

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena formująca
S-2Ocena formująca: Ocena podsumowująca

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B6_W01
Student zna i rozumie w stopniu pogłębionym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.
MS_2A_W05, MS_2A_W08C-1T-A-2, T-A-4, T-A-1, T-A-5, T-A-3, T-A-6, T-A-7M-1, M-2S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B6_U01
Student potrafi prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.
MS_2A_U02, MS_2A_U03C-1T-A-2, T-A-4, T-A-1, T-A-5, T-A-3, T-A-6, T-A-7, T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-2, T-L-7, T-L-8, T-L-6, T-L-9M-1, M-2S-2

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B6_K01
Student jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.
MS_2A_K01C-1T-A-2, T-A-4, T-A-1, T-A-5, T-A-3, T-A-6, T-A-7, T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-2, T-L-7, T-L-8, T-L-6, T-L-9M-1, M-2S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_B6_W01
Student zna i rozumie w stopniu pogłębionym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.
2,0
3,0Student zna i rozumie w stopniu dostatecznym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_B6_U01
Student potrafi prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.
2,0
3,0Student potrafi w stopniu dostatecznym prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_B6_K01
Student jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.
2,0
3,0Student w stopniu dostatecznym jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Eligia M. Szewczyk, Diagnostyka bakteriologiczna, PWN, Warszawa, 2019, III
  2. Kędzia Włodzimierz, Diagnostyka mikrobiologiczna w medycynie, PZWL, Warszawa, 1990
  3. Mordarska Przondo Anna, Procedury diagnostyki mikrobiologicznej w wybranych zakażeniach układowych, Continuo, Wrocław, 2004

Literatura dodatkowa

  1. Diagnostic Microbiology
  2. Stefaniuk E., Bosacka K., Hryniewicz W., Walidacja i weryfikacja metod i testów diagnostycznych w laboratorium mikrobiologicznym, Postępy Mikrobiologii, 2015, 54,4, 415-424

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.1
T-A-2Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych2
T-A-3Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii2
T-A-4MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.2
T-A-5Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-2
T-A-6Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.2
T-A-7Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.2
T-A-8Zaliczenie na podstawie prezentacji2
15

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Wyznaczenie podstawowych parametrów uwzględnianych w walidacji i weryfikacji metod i testów diagnostycznych6
T-L-2Szacowanie niepewności pomiaru metod mikrobiologicznych ilościowych i jakościowych.4
T-L-3Wykorzystanie genetycznych metod w serotypowaniu bakterii6
T-L-4Wykorzystanie metody ELISA w różnicowaniu serologicznym drobnoustrojów.3
T-L-5Wykorzystanie testów API w identyfikacji i różnicowaniu mikroorganizmów3
T-L-6Ilościowa identyfikacja mikroorganizmów metoda Real-Time PCR.6
T-L-7Wykorzystanie metody PCR-DGGE do badania zmienności genotypowej bakterii.4
T-L-8Techniki elektroforetyczne.6
T-L-9Elektroforeza białek.5
T-L-10Zaliczenie zajęć2
45

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Podstawowe pojęcia zwiążane z waliidacją.2
T-W-2Parametry walidacji, podstawowe wzory i ich zastosowanie.3
T-W-3Procedury sporządzania dokumentacji w procesach walidacji.2
T-W-4Najczęstsze problemy przy przeproowadzaniu walidacji.2
T-W-5Metody jakościowe - wyznaczanie niepewności na poziomie granicy wykrywalności (niepewność inoculum); obliczanie procentu fałszywych wyników (metody jakościowe).2
T-W-6Zapewnienie jakości wyników badań metod mikrobiologicznych jakościowych oraz ilościowych. Wewnętrzna kontrola jakości badań - analiza próbek rzeczywistych i kontaminowanych.2
T-W-7Kryteria oceny do badań ilościowych i jakościowych; tworzenie kart kontrolnych.2
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2Czytanie wskazanej literatury4
A-A-3Przygotowanie do kolokwium4
A-A-4Przygotowanie prezentacji.2
25
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1uczestnictwo w zajęciach45
A-L-2Przygotowanie merytoryczne do zajęć.5
50
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach.15
A-W-2Samodzielne studiowanie literatury.6
A-W-3Przygotowanie do egzaminu.2
A-W-4udział w egzaminie pisemnym2
25
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_B6_W01Student zna i rozumie w stopniu pogłębionym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_W05Zna i rozumie w pogłębionym stopniu zagadnienia dotyczące mikroorganizmów (wirusów, bakterii, grzybów) i pasożytów oraz metod diagnostycznych służących do ich wykrywania.
MS_2A_W08Zna i rozumie w pogłębionym stopniu wiedzę na temat wpływu mikroorganizmów na jakość i bezpieczeństwo zdrowotne żywności oraz z biotechnologii przemysłu spożywczego, w tym przetwórstwa z udziałem mikroorganizmów.
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie się i praktyczne poznanie zasad diagnostyki mikrobiologicznej
Treści programoweT-A-2Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych
T-A-4MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.
T-A-1Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.
T-A-5Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-
T-A-3Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii
T-A-6Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.
T-A-7Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.
Metody nauczaniaM-1Wykład konwersatoryjny
M-2Ćwiczenia laboratoryjne
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena formująca
S-2Ocena formująca: Ocena podsumowująca
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student zna i rozumie w stopniu dostatecznym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_B6_U01Student potrafi prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_U02Potrafi opracować dokumentację dotyczącą realizacji zadania analitycznego i przygotować tekst zawierający omówienie wyników realizacji tego zadania oraz przedstawić je w formie werbalnej (prezentacji) oraz opisowej w języku polskim i obcym.
MS_2A_U03Potrafi dobrać właściwe procedury i metody analityczne. Potrafi wykorzystać w praktyce podstawowe i specjalistyczne techniki i narzędzia badawcze właściwe dla mikrobiologii stosowanej i nauk pokrewnych.
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie się i praktyczne poznanie zasad diagnostyki mikrobiologicznej
Treści programoweT-A-2Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych
T-A-4MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.
T-A-1Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.
T-A-5Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-
T-A-3Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii
T-A-6Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.
T-A-7Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.
T-L-1Wyznaczenie podstawowych parametrów uwzględnianych w walidacji i weryfikacji metod i testów diagnostycznych
T-L-3Wykorzystanie genetycznych metod w serotypowaniu bakterii
T-L-4Wykorzystanie metody ELISA w różnicowaniu serologicznym drobnoustrojów.
T-L-5Wykorzystanie testów API w identyfikacji i różnicowaniu mikroorganizmów
T-L-2Szacowanie niepewności pomiaru metod mikrobiologicznych ilościowych i jakościowych.
T-L-7Wykorzystanie metody PCR-DGGE do badania zmienności genotypowej bakterii.
T-L-8Techniki elektroforetyczne.
T-L-6Ilościowa identyfikacja mikroorganizmów metoda Real-Time PCR.
T-L-9Elektroforeza białek.
Metody nauczaniaM-1Wykład konwersatoryjny
M-2Ćwiczenia laboratoryjne
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Ocena podsumowująca
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student potrafi w stopniu dostatecznym prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_B6_K01Student jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_K01Jest gotowy do ciągłego dokształcania się i konieczności podnoszenia kompetencji zawodowych. Wyznacza kierunki własnego rozwoju i kształcenia (trzeciego stopnia, studia podyplomowe, kursy).
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie się i praktyczne poznanie zasad diagnostyki mikrobiologicznej
Treści programoweT-A-2Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych
T-A-4MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.
T-A-1Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.
T-A-5Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-
T-A-3Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii
T-A-6Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.
T-A-7Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.
T-L-1Wyznaczenie podstawowych parametrów uwzględnianych w walidacji i weryfikacji metod i testów diagnostycznych
T-L-3Wykorzystanie genetycznych metod w serotypowaniu bakterii
T-L-4Wykorzystanie metody ELISA w różnicowaniu serologicznym drobnoustrojów.
T-L-5Wykorzystanie testów API w identyfikacji i różnicowaniu mikroorganizmów
T-L-2Szacowanie niepewności pomiaru metod mikrobiologicznych ilościowych i jakościowych.
T-L-7Wykorzystanie metody PCR-DGGE do badania zmienności genotypowej bakterii.
T-L-8Techniki elektroforetyczne.
T-L-6Ilościowa identyfikacja mikroorganizmów metoda Real-Time PCR.
T-L-9Elektroforeza białek.
Metody nauczaniaM-1Wykład konwersatoryjny
M-2Ćwiczenia laboratoryjne
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Ocena podsumowująca
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student w stopniu dostatecznym jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.
3,5
4,0
4,5
5,0