Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia (S2)

Sylabus przedmiotu Genomika:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Mikrobiologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Genomika
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Mikrobiologii Stosowanej i Fizjologii Żywienia Człowieka
Nauczyciel odpowiedzialny Elżbieta Bogusławska-Wąs <Elzbieta.Boguslawska-Was@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Alicja Dłubała <Alicja.Dlubala@zut.edu.pl>, Wojciech Sawicki <Wojciech.Sawicki@zut.edu.pl>, Barbara Szymczak <Barbara.Szymczak@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 6 Grupa obieralna 2

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL1 15 1,00,50zaliczenie
wykładyW1 15 1,00,50zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu biochemii, mikrobiologii, genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów2
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów3
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego4
T-L-5Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.2
T-L-6Pisemne zaliczenie zajęć laboratoryjnych2
15
wykłady
T-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe3
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae3
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii2
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów3
T-W-6Zaliczenie pisemne wykładów2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie temtycznej literatury przedmiotu8
A-L-3konsultacje z prowadzącym2
25
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Przygotowanie się do zaliczenia wykładów11
26

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami
M-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena zdobytej wiedzy z zakresu przedstawionych informacji na wykładach i ćwiczeniach

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B1_W01
Student zna i rozumie w pogłębionym stopniu zagadnienia z zakresu genomiki mikroorganizmow.
MS_2A_W02, MS_2A_W13C-1, C-2T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-L-2, T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-5M-1, M-2, M-3S-2, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B1_U01
Student potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Student potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych.
MS_2A_U06C-1, C-2T-L-2, T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-5M-2, M-3S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B1_K01
Student jest gotów do samodzielnej oceny efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych.
MS_2A_K01C-1, C-2T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-L-2, T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-5M-1, M-2, M-3S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_B1_W01
Student zna i rozumie w pogłębionym stopniu zagadnienia z zakresu genomiki mikroorganizmow.
2,0
3,0Student zna i rozumie zagadnienia z zakresu genomiki mikroorganizmów w stopniu dostatecznym
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_B1_U01
Student potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Student potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych.
2,0
3,0Student potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów w stopniu dostatecznym. Student w stopniu dostatecznym potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_B1_K01
Student jest gotów do samodzielnej oceny efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych.
2,0
3,0Student jest gotów do samodzielnej oceny efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych w stopniu dostatecznym
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Primrose S. B., Zasady analizy genomu - przewodnik do mapowania i sekwencjonowania DNA różnych organizmów, Wydawnictwo Naukowo-Techniczne, Warszawa, 1999, 1
  2. Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012
  3. Higgs P.G., Attwood T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2013
  4. Małgorzata Robak, Joanna Kawa-Rygielska, Anita Rywińska, Barbara Żarowska, Co wiemy o drożdżach? : genomika, fizjologia, zastosowanie, Uniwersytet Przyrodniczy we wrocławiu, Wrocław, 2017, Czytelnia, Biblioteka WNoŻiR, PP

Literatura dodatkowa

  1. Artykuły popularno naukowe w czasopismach krajowych “Świat Nauki”, „Wiedza i Życie”, „Kosmos”
  2. Czasopismo, Genomics, Elsevier B.V., ISSN: 0888-7543

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów2
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów3
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego4
T-L-5Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.2
T-L-6Pisemne zaliczenie zajęć laboratoryjnych2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe3
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae3
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii2
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów3
T-W-6Zaliczenie pisemne wykładów2
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie temtycznej literatury przedmiotu8
A-L-3konsultacje z prowadzącym2
25
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Przygotowanie się do zaliczenia wykładów11
26
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_B1_W01Student zna i rozumie w pogłębionym stopniu zagadnienia z zakresu genomiki mikroorganizmow.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_W02Zna i rozumie w pogłębionym stopniu zagadnienia w zakresie genomiki i proteomiki organizmów, ich fizjologii oraz w zakresie immunologii i immunoprofilaktyki w hodowli zwierząt.
MS_2A_W13Zna i rozumie w pogłębionym stopniu procesy zachodzące w środowisku i zależności między organizmami w nim funkcjonującymi i możliwości ich wykorzystania.
Cel przedmiotuC-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych
Treści programoweT-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego
T-L-5Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami
M-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Ocena zdobytej wiedzy z zakresu przedstawionych informacji na wykładach i ćwiczeniach
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student zna i rozumie zagadnienia z zakresu genomiki mikroorganizmów w stopniu dostatecznym
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_B1_U01Student potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Student potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_U06Potrafi pracować z materiałem genetycznym, hodowlami komórkowymi oraz potrafi wykorzystywać techniki obrazowania.
Cel przedmiotuC-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych
Treści programoweT-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego
T-L-5Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.
Metody nauczaniaM-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów w stopniu dostatecznym. Student w stopniu dostatecznym potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_B1_K01Student jest gotów do samodzielnej oceny efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_K01Jest gotowy do ciągłego dokształcania się i konieczności podnoszenia kompetencji zawodowych. Wyznacza kierunki własnego rozwoju i kształcenia (trzeciego stopnia, studia podyplomowe, kursy).
Cel przedmiotuC-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych
Treści programoweT-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego
T-L-5Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami
M-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student jest gotów do samodzielnej oceny efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych w stopniu dostatecznym
3,5
4,0
4,5
5,0