Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia (S2)

Sylabus przedmiotu Bioinformatyka:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Mikrobiologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Bioinformatyka
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Towaroznawstwa, Oceny Jakości, Inżynierii Procesowej i Żywienia Człowieka
Nauczyciel odpowiedzialny Remigiusz Panicz <rpanicz@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Jerzy Balejko <Jerzy.Balejko@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 6 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL1 15 1,00,50zaliczenie
wykładyW1 15 1,00,50zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Podstawowa wiedza z zakresu technologii informacyjnych

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie się z narzedziami i metodami komputerowymi w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
C-2Nabycie umiejętności tworzenia modeli matematycznych pozwalających w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
C-3Zaznajomienie z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu2
T-L-2Wprowadzenie do baz danych2
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych2
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych2
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych3
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych2
T-L-7Zaliczenie ćwiczeń laboratoryjnych2
15
wykłady
T-W-1Protokoły Internetowe2
T-W-2Usługi Internetowe2
T-W-3Bazy danych sekwencji1
T-W-4Bazy danych struktur molekularnych1
T-W-5Mapowanie genów1
T-W-6Bazy danych map1
T-W-7Pobieranie informacji z biologicznych baz danych1
T-W-8Dopasowywanie sekwencji1
T-W-9Analiza porównawcza genomów2
T-W-10Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek1
T-W-11Zaliczenie wykładów2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w ćwiczeniach laboratoryjnych15
A-L-2konsultacje z prowadzacym2
A-L-3Samodzielne przygotowanie do ćwiczeń laboratoryjnych8
25
wykłady
A-W-1uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Samodzielna praca5
A-W-3przygotowanie się do zaliczenia zajęć5
25

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
S-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczające wykłady

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_PO4-1_W01
Zna i rozumie w pogłębionym stopniu narzędzia i metody informatyczne stosowane w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
MS_2A_W01C-1T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-W-10, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-1M-1, M-2S-2, S-3, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_PO4-1_U01
Potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
MS_2A_U03, MS_2A_U05C-2T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-W-10, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-1M-1, M-2S-2, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_PO4-1_K01
Jest gotów do ciągłego pogłębiania zdobytej wiedzy
MS_2A_K01C-1, C-2, C-3T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-W-10, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-1M-1, M-2S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_PO4-1_W01
Zna i rozumie w pogłębionym stopniu narzędzia i metody informatyczne stosowane w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
2,0
3,0Student zna i rozumie narzędzia i metody komputerowe stosowane do rozwiązywania zagadnień biologicznych w stopniu dostatecznym
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_PO4-1_U01
Potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
2,0
3,0Student potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych w stopniu dostatecznym
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_PO4-1_K01
Jest gotów do ciągłego pogłębiania zdobytej wiedzy
2,0
3,0Student w dostatecznym stopniu jest gotów do pogłębiania swojej wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Baxevanisa A D, Ouellette'a, Bioinformatyka, PWN, Warszawa, 2005
  2. P.G. Higgs, T.K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., PWN, 2008

Literatura dodatkowa

  1. Żródła internetowe podane przez prowadzącego, 2013

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu2
T-L-2Wprowadzenie do baz danych2
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych2
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych2
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych3
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych2
T-L-7Zaliczenie ćwiczeń laboratoryjnych2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Protokoły Internetowe2
T-W-2Usługi Internetowe2
T-W-3Bazy danych sekwencji1
T-W-4Bazy danych struktur molekularnych1
T-W-5Mapowanie genów1
T-W-6Bazy danych map1
T-W-7Pobieranie informacji z biologicznych baz danych1
T-W-8Dopasowywanie sekwencji1
T-W-9Analiza porównawcza genomów2
T-W-10Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek1
T-W-11Zaliczenie wykładów2
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w ćwiczeniach laboratoryjnych15
A-L-2konsultacje z prowadzacym2
A-L-3Samodzielne przygotowanie do ćwiczeń laboratoryjnych8
25
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Samodzielna praca5
A-W-3przygotowanie się do zaliczenia zajęć5
25
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_PO4-1_W01Zna i rozumie w pogłębionym stopniu narzędzia i metody informatyczne stosowane w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_W01Zna i rozumie w pogłębionym stopniu zagadnienia dotyczące metod statystycznych, technik informatycznych i bioinformatyki wykorzystywane w naukach rolniczych i pokrewnych.
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie się z narzedziami i metodami komputerowymi w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
Treści programoweT-W-1Protokoły Internetowe
T-W-2Usługi Internetowe
T-W-3Bazy danych sekwencji
T-W-4Bazy danych struktur molekularnych
T-W-5Mapowanie genów
T-W-6Bazy danych map
T-W-7Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-8Dopasowywanie sekwencji
T-W-9Analiza porównawcza genomów
T-W-10Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczające wykłady
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student zna i rozumie narzędzia i metody komputerowe stosowane do rozwiązywania zagadnień biologicznych w stopniu dostatecznym
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_PO4-1_U01Potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_U03Potrafi dobrać właściwe procedury i metody analityczne. Potrafi wykorzystać w praktyce podstawowe i specjalistyczne techniki i narzędzia badawcze właściwe dla mikrobiologii stosowanej i nauk pokrewnych.
MS_2A_U05Potrafi wprowadzać systemy zarządzania i normalizacji. Potrafi wykorzystać praktycznie wiedzę z zakresu prawa chroniącego własność intelektualną i prawa pracy. Potrafi przeprowadzić analizy statystyczne wykorzystane w naukach rolniczych.
Cel przedmiotuC-2Nabycie umiejętności tworzenia modeli matematycznych pozwalających w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
Treści programoweT-W-1Protokoły Internetowe
T-W-2Usługi Internetowe
T-W-3Bazy danych sekwencji
T-W-4Bazy danych struktur molekularnych
T-W-5Mapowanie genów
T-W-6Bazy danych map
T-W-7Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-8Dopasowywanie sekwencji
T-W-9Analiza porównawcza genomów
T-W-10Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych w stopniu dostatecznym
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_PO4-1_K01Jest gotów do ciągłego pogłębiania zdobytej wiedzy
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_K01Jest gotowy do ciągłego dokształcania się i konieczności podnoszenia kompetencji zawodowych. Wyznacza kierunki własnego rozwoju i kształcenia (trzeciego stopnia, studia podyplomowe, kursy).
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie się z narzedziami i metodami komputerowymi w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
C-2Nabycie umiejętności tworzenia modeli matematycznych pozwalających w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
C-3Zaznajomienie z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
Treści programoweT-W-1Protokoły Internetowe
T-W-2Usługi Internetowe
T-W-3Bazy danych sekwencji
T-W-4Bazy danych struktur molekularnych
T-W-5Mapowanie genów
T-W-6Bazy danych map
T-W-7Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-8Dopasowywanie sekwencji
T-W-9Analiza porównawcza genomów
T-W-10Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student w dostatecznym stopniu jest gotów do pogłębiania swojej wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0