Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Aquaculture and Fisheries (S1)

Sylabus przedmiotu Bioinformatics:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Aquaculture and Fisheries
Forma studiów studia stacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot Bioinformatics
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Technologii Mięsa
Nauczyciel odpowiedzialny Remigiusz Panicz <rpanicz@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 6,0 ECTS (formy) 6,0
Forma zaliczenia egzamin Język angielski
Blok obieralny 8 Grupa obieralna 2

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW5 30 3,00,50egzamin
laboratoriaL5 30 3,00,50zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Basics of genetics, statistics

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1This this course is to introduce students to the new field of bioinformatics. Students will focus on comparison methods and algorithms used to analyse and visualize various data obtained from molecular studies.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Types of molecular data2
T-L-2GenBank structure and data submission3
T-L-3Indexing and screeaning of sequence databases3
T-L-4DNA and protein motif discovery4
T-L-5Assesment of genetic diversity6
T-L-6Primer design5
T-L-7Quality check of Sanger sequencing reads4
T-L-8Distance trees for data presentation3
30
wykłady
T-W-1Introduction to Bioinformatics2
T-W-2Sources of nucleotide and protein data2
T-W-3Sequence alignment algorithms3
T-W-4Variability of genetic data4
T-W-5Types of molecular data (codominant, binary)4
T-W-6Protein sequence analysis4
T-W-7Next Generation Seqencing (platforms, techniques, aplications)4
T-W-8Molecular phylogenetics and evolution approaches4
T-W-9Protein families3
30

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1PC classess30
A-L-2Independent study (literature review)30
A-L-3Preparing for exam30
90
wykłady
A-W-1Lecture30
A-W-2Independent study (literature review)30
A-W-3Preparing for exams30
90

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Lectures and practical PC exercises

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: practical test
S-2Ocena podsumowująca: Test

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
AQF_1A_C20b_W01
Student has knowledge in bioinformatics, including statistical calculations useful for solving tasks connected with the scope of the subject.		AQF_1A_W06——C-1T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9M-1S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
AQF_1A_C20b_U01
Student is able to plan and conduct process biological data as well as to interpret the obtained results and draw the conclusions		AQF_1A_U07, AQF_1A_U08——C-1T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-7, T-L-8M-1S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
AQF_1A_C20b_K01
Student is able to work in a group and perform as a group leader; he/she is able to estimate the time necessary to accomplish the assigned tasks.		AQF_1A_K01——C-1T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-7, T-L-8, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9M-1S-1, S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
AQF_1A_C20b_W01
Student has knowledge in bioinformatics, including statistical calculations useful for solving tasks connected with the scope of the subject.		2,0
3,0Student demonstrates basic knowledge of biological data management and processing
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
AQF_1A_C20b_U01
Student is able to plan and conduct process biological data as well as to interpret the obtained results and draw the conclusions		2,0
3,0Student can solve basic problems associated with bioinformatic calculations
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
AQF_1A_C20b_K01
Student is able to work in a group and perform as a group leader; he/she is able to estimate the time necessary to accomplish the assigned tasks.		2,0
3,0Student is able to finish all tasks during course with the help of the colleagues and a teacher.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Baxevanis A.D., Ouellette F., Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins., Oxford Journals, 2004
  2. Hall B.G., Phylogenic trees made easy: a how to manual., Sinauer Associates Inc., US, 2007
  3. Jones N.C., Pevzner P., An introduction to bioinformatics algorithms., MIT Press, 2004

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Types of molecular data2
T-L-2GenBank structure and data submission3
T-L-3Indexing and screeaning of sequence databases3
T-L-4DNA and protein motif discovery4
T-L-5Assesment of genetic diversity6
T-L-6Primer design5
T-L-7Quality check of Sanger sequencing reads4
T-L-8Distance trees for data presentation3
30

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Introduction to Bioinformatics2
T-W-2Sources of nucleotide and protein data2
T-W-3Sequence alignment algorithms3
T-W-4Variability of genetic data4
T-W-5Types of molecular data (codominant, binary)4
T-W-6Protein sequence analysis4
T-W-7Next Generation Seqencing (platforms, techniques, aplications)4
T-W-8Molecular phylogenetics and evolution approaches4
T-W-9Protein families3
30

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1PC classess30
A-L-2Independent study (literature review)30
A-L-3Preparing for exam30
90
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Lecture30
A-W-2Independent study (literature review)30
A-W-3Preparing for exams30
90
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięAQF_1A_C20b_W01Student has knowledge in bioinformatics, including statistical calculations useful for solving tasks connected with the scope of the subject.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówAQF_1A_W06Students knows the terminology used in genetics and knows the basic tools of genetic engineering used in the aquatic organisms cultivation
Cel przedmiotuC-1This this course is to introduce students to the new field of bioinformatics. Students will focus on comparison methods and algorithms used to analyse and visualize various data obtained from molecular studies.
Treści programoweT-W-1Introduction to Bioinformatics
T-W-2Sources of nucleotide and protein data
T-W-3Sequence alignment algorithms
T-W-4Variability of genetic data
T-W-5Types of molecular data (codominant, binary)
T-W-6Protein sequence analysis
T-W-7Next Generation Seqencing (platforms, techniques, aplications)
T-W-8Molecular phylogenetics and evolution approaches
T-W-9Protein families
Metody nauczaniaM-1Lectures and practical PC exercises
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: practical test
S-2Ocena podsumowująca: Test
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student demonstrates basic knowledge of biological data management and processing
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięAQF_1A_C20b_U01Student is able to plan and conduct process biological data as well as to interpret the obtained results and draw the conclusions
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówAQF_1A_U07Student is able to use computer programs supporting the accomplishment of basic engineering tasks.
AQF_1A_U08Student is able to plan and conduct process experiments, including measurements and computer simulations, as well as to interpret the obtained results and draw conclusions.
Cel przedmiotuC-1This this course is to introduce students to the new field of bioinformatics. Students will focus on comparison methods and algorithms used to analyse and visualize various data obtained from molecular studies.
Treści programoweT-L-1Types of molecular data
T-L-2GenBank structure and data submission
T-L-3Indexing and screeaning of sequence databases
T-L-4DNA and protein motif discovery
T-L-5Assesment of genetic diversity
T-L-6Primer design
T-L-7Quality check of Sanger sequencing reads
T-L-8Distance trees for data presentation
Metody nauczaniaM-1Lectures and practical PC exercises
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: practical test
S-2Ocena podsumowująca: Test
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student can solve basic problems associated with bioinformatic calculations
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięAQF_1A_C20b_K01Student is able to work in a group and perform as a group leader; he/she is able to estimate the time necessary to accomplish the assigned tasks.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówAQF_1A_K01Student is aware of self-knowledge and skills. Student understands the need and possibilities of continuous education and self-improvement. She/he establishes the opportunities of her/his own development and education (the second, third degree studies; postgraduate studies; courses).
Cel przedmiotuC-1This this course is to introduce students to the new field of bioinformatics. Students will focus on comparison methods and algorithms used to analyse and visualize various data obtained from molecular studies.
Treści programoweT-L-1Types of molecular data
T-L-2GenBank structure and data submission
T-L-3Indexing and screeaning of sequence databases
T-L-4DNA and protein motif discovery
T-L-5Assesment of genetic diversity
T-L-6Primer design
T-L-7Quality check of Sanger sequencing reads
T-L-8Distance trees for data presentation
T-W-1Introduction to Bioinformatics
T-W-2Sources of nucleotide and protein data
T-W-3Sequence alignment algorithms
T-W-4Variability of genetic data
T-W-5Types of molecular data (codominant, binary)
T-W-6Protein sequence analysis
T-W-7Next Generation Seqencing (platforms, techniques, aplications)
T-W-8Molecular phylogenetics and evolution approaches
T-W-9Protein families
Metody nauczaniaM-1Lectures and practical PC exercises
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: practical test
S-2Ocena podsumowująca: Test
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student is able to finish all tasks during course with the help of the colleagues and a teacher.
3,5
4,0
4,5
5,0